Как никакое другое уголовное дело, расследованное ВЧК в первые годы ее существования, дело ПБО подверглось сильнейшим нападкам со стороны «демократических» сил в конце 1980 — начале 1990-х годов. Все началось с требований незамедлительно реабилитировать Гумилева, поскольку «поэт не может быть заговорщиком априори». В сложившейся тогда обстановке Генеральной прокуратуре РФ пришлось реагировать на «запросы общества» и она приступила к «пересмотру» дела ПБО в целом. И результат не заставил себя долго ждать, поскольку был предопределен принятым в октябре 1991 года и подписанный Б. Н. Ельциным законом «О реабилитации жертв политических репрессий». Дело ПБО было признано сфальсифицированным, а проходящие по нему лица реабилитированы. На наш взгляд, это характерный пример отхода от объективной оценки материалов следствия под давлением политической конъюнктуры. Многие историки не согласились с принятым решением и продолжили работу в архивах. В итоге были найдены (в том числе и в эмигрантских архивах) доказательства реального существования большой группы заговорщиков, хотя название — Петроградская боевая организация, скорее всего, обобщающее. Надеемся, что финальная точка в деле ПБО будет поставлена после пофондовой публикации материалов следствия и чекистских оперативных мероприятий.
Как уже отмечалось выше, контрразведка первоначально не входила в задачи ВЧК. Однако, еще до создания Особого отдела, в производстве чекистов находились дела о шпионаже. И связано это было с тем, что в условиях гражданской войны ведением разведки занимались практически все подпольные белогвардейские организации, а резидентуры опирались на возможности подпольщиков, либо сами создавали нелегальные антибольшевистские структуры иностранных разведок и белых войсковых штабов. Отделить контрреволюционную активность от шпионажа не представлялось возможным.
Первым шпионским делом ВЧК явилось разоблачение так называемого «Заговора послов». Последние исследования историков позволяют внести уточнения, и весьма существенные, уже в формулировку названия этого дела. Поэтому далее мы будем определять его, как «Заговор Сиднея Рейли» — агента британской разведки (криптоним «ST-1»). Он прибыл в Советскую Россию в мае 1918 г. Первоначально, как утверждают британские и иные зарубежные историки, в его задачу входил сбор политической информации и не более. Все, что он делал вне этих рамок являлось личной инициативой агента. А реально он готовил государственный переворот. Его поддержали резиденты политической разведки «туманного Альбиона» в России Э. Бойс и военно-морской — Ф. Кроми. Выработанный ими план заговора базировался на возможности перетянуть на свою сторону некоторые воинские части латышских стрелков, включая и те, которые несли охрану Кремля, а также наиболее важных советских государственных учреждений. И это сейчас представляется абсолютно реальным. Ведь, в отличие от изложенного в исторической литературе советского периода, теперь известно, что кроме «красных латышских стрелков» были и «белые». Многие латыши из числа служивших в Красной армии не демонстрировали готовность отдать жизнь за большевистские идеалы. Их волновал лишь вопрос о скорейшем возвращении в Латвию. А именно это и обещали британские агенты в случае успешного свержения советской власти.
В ходе оперативных мероприятий чекисты вскрыли замыслы англичан и присоединившихся к ним представителей французской разведки. Продолжению операции помешали убийство председателя Петроградской ЧК М. Урицкого и покушение на Ленина. ВЧК пришлось форсировать свои действия в ущерб интересам оперативной разработки. Пришлось даже вторгнуться в британское посольство, обладавшее экстерриториальным статусом. Военно-морской атташе Кроми оказал вооруженное сопротивление, убил одного и ранил двух сотрудников ЧК, но и сам был ликвидирован в ходе перестрелки. Практически полностью удалось задержать членов агентурной сети американской разведки и некоторых агентов Рейли. Сам он сумел скрыться. Задержанного ВЧК британского дипломата Р. Б. Локкарта — «финансового спонсора заговорщиков» пришлось выпустить под угрозой ареста советского посла в Лондоне.