К этому времени боевые действия на Черном море шли полным ходом. Реальную опасность для российского флота представляли прорвавшиеся через черноморские проливы германский линейный крейсер «Гебен» и всегда сопровождающий его легкий крейсер «Бреслау», переименованные турками соответственно в «Явуз Султан Селим» и «Мидилли». Прекрасные «ходоки» с мощным вооружением, они своими набегами доставляли много неприятностей нашим морякам.
Уже через несколько месяцев после прихода в главную базу—Севастополь — «Мария» принимает активное участие в боевых операциях против германо-турецкого флота. На линкоре держит флаг командующий Черноморским флотом адмирал Александр Колчак. Залпы орудий главного калибра быстроходного линейного корабля, а также ввод в строй однотипного корабля — «Екатерина Великая» — положили конец наглым действиям германских крейсеров в черноморских водах. Особенно возросла нагрузка на линкоры во второй половине1916 года. Только за июнь — октябрь совершено 24 боевых похода. Это была тяжелая, но весьма эффективная служба. Боевая деятельность противника была скована действиями «Императрицы Марии» и «Екатерины Великой». Но… глубокой ночью 7 октября 1916 года в 00 часов 20 минут на стоявшем в Северной бухте Севастополя линейном корабле «Императрица Мария» гремит взрыв. Затем в течение 48 минут — еще пятнадцать. Корабль начинает крениться на правый борт и, перевернувшись, тонет. Русский военный флот потерял 217 моряков и сильнейший боевой корабль.
Трагедия потрясла всю Россию. Выяснением причин гибели линкора занялась комиссия Морского министерства, которую возглавил боевой офицер, член Адмиралтейств-Совета адмирал Н. М. Яковлев. В годы русско-японской войны он командовал броненосцем «Петропавловск» и находился на командирском мостике броненосца, который ушел на дно после взрыва на японской мине вместе в адмиралом С. О. Макаровым и штабом 1-й Тихоокеанской эскадры. Сам капитан судна был выброшен взрывной волной с мостика и подобран шлюпкой, посланной с одного из крейсеров эскадры для спасения экипажа «Петропавловска». Членом комиссии был и известный кораблестроитель, член Академии наук России А. Н. Крылов, который стал автором заключения, одобренного всеми членами комиссии.
В ходе проведенного расследования были представлены три версии гибели линкора:
1. Самовозгорание пороха.
2. Небрежность в обращении с огнем или порохом.
3. Злой умысел.
Однако после рассмотрения всех трех версий комиссия заключила, что «прийти к точному и доказательно обоснованному выводу не представляется возможным, приходится лишь оценивать вероятность этих предположений, сопоставляя выяснившиеся при следствии обстоятельства».
Из возможных версий две первые комиссия в принципе не исключала. Что касается злого умысла, то, даже установив ряд нарушений в правилах доступа к артиллерийским погребам и недостаток контроля за находившимися на корабле рабочими-ремонтниками, комиссия посчитала эту версию маловероятной.
Возможность злого умысла не подтверждал и адмирал А. В. Колчак, который уже спустя 15 минут после начала пожара прибыл на обреченный корабль. В своих показаниях после ареста Чрезвычайной следственной комиссией 24 января 1920 года Колчак заявил: «Насколько следствие (комиссия морского министерства. —
Иначе говоря, ни одна из выдвинутых комиссией версий не нашла достаточного фактического подтверждения.
Расследованием причин гибели «Императрицы Марии» также занимались тесно связанные в силу специфики своей деятельности и одновременно остро между собой конкурировавшие Севастопольское жандармское управление, возглавляемое полковником Редловым, и созданное по инициативе моряков в конце 1915 года при штабе командующего Черноморским флотом самостоятельное контрразведывательное отделение, начальником которого был прикомандированный к Севастопольскому жандармскому управлению ротмистр Автамонов. Вместе с возложенной на отделение задачей по борьбе с «иностранным соглядатайством» в его ведение перешла и специальная агентура, которая содержалась до этого Севастопольским жандармским управлением на средства, выделяемые командованием Черноморского флота.