Вновь учрежденная Таможенная пограничная стража состояла из надзирателей — государственных чиновников — по одному на 50 верст и объездчиков — вольных людей — по одному на 5 верст. В последующем число объездчиков увеличивалось. Но и подобная организационная структура не обеспечивала надежную борьбу с контрабандой. Поэтому в XIX веке для усиления погранично-таможенной охраны границы неоднократно и на достаточно длительные сроки привлекались казачьи войсковые соединения.
В 1811 году военным министром Барклаем де Толли было подписано «Положение об устройстве Пограничной казачьей стражи», согласно которому на каждые 150 км границы выделялся Донской казачий полк. Образовались две линии охраны: в первой — казачьи команды, во второй—команды таможенной пограничной стражи по 10 вольнонаемных объездчиков.
Казаки обогатили арсенал способов и приемов борьбы с контрабандистами своими многочисленными хитростями, уловками и нетрадиционными тактическими премудростями, накопленными многовековым опытом непрерывного противостояния украинского и российского казачества различным соседям на дальних рубежах России.
Использовались закордонные и местные осведомители, лазутчики—ходоки за кордон, подставные базы-ловушки, засады-секреты, патрулирующие дозоры-разъезды и многое другое, в том числе ранее заимствованное у соседей-противников. Своеобразным укладом и менталитетом казачества, этого степного воинства, поощрялись как одиночные или групповые ходки, так и организованные набеги «за зипунами» в соседнее приграничье, что сегодня квалифицировалось бы не иначе, как разбой и организованная контрабанда. Но это свидетельствует о том, что уловки контрабандистов были традиционно знакомы степному казачьему воинству и довольно легко ими распознавались. Таким образом, период участия казачьих соединений в таможеннопограничной службе принес немало полезного в совершенствовании методики борьбы с контрабандой, которая в дальнейшем успешно развивалась и использовалась пограничниками и таможенниками. И все же опыт охраны границы при отсутствии единой подчиненности с течением времени показал свою несостоятельность. Вольнонаемные объездчики и надзиратели зачастую потворствовали контрабанде, а то и сами перерождались в контрабандистов. Подобное наблюдалось и среди казаков. Перевод в 1822 году казачьих полков во вторую линию охраны границы ничего в этом смысле не изменил, и вскоре они были возвращены на Дон.
Через 30 с лишним лет вновь была предпринята попытка закрыть западную границу казачьими соединениями. Это привело к всплеску контрабанды и уголовных преступлений на границе, и начиная с 1861 года к этой практике больше не возвращались. Становилось ясным, что для эффективной борьбы с контрабандой и другими нарушениями границы нужна более организованная и жесткая структура.
Еще раньше —5 августа 1827 года была учреждена новая «Таможенная пограничная стража» с военизированной организацией по типу регулярной армии, а через 5 лет ее заменила «Пограничная стража». С годами совершенствовались подразделения и этой структуры — полубригады были преобразованы в бригады, а надзиратели и их помощники стали именоваться отрядными офицерами. Для подготовки низших чинов и замещения ими вахмистрских и унтер-офицерских должностей создавались отдельные учебные команды. С 1861 года Пограничная стража комплектовалась рекрутами, а инспекторами Министерства финансов по Пограничной страже назначались офицеры.
К концу XIX века, когда в России сложилась действенная система таможенных органов, все более отчетливо стала проявлять себя тенденция разделения функций пограничников и таможенников.
В архивных материалах второй половины XIX века есть прямые свидетельства того, что оперативная работа по выявлению лиц, участвующих в организации и осуществлении контрабандного ввоза-вывоза товаров, из жителей приграничных районов как с этой, так и с той стороны приобрела самостоятельное значение. Регулярно выделялись средства на агентурную работу, благодаря которой удавалось добывать данные о намерениях контрабандистов и номенклатуре контрабандных товаров. Например, в 1879 году на агентурную работу по этой линии было ассигновано 8 тысяч рублей.
Конец XIX и начало XX века в России характеризовались активизацией революционного подполья, с одной стороны, и деятельности охранки и полицейского сыска — с другой. В Одессе, Новороссийске и других городах неоднократно вскрывались попытки контрабандного провоза нелегальной литературы и оружия. Неизбежное в связи с этим тесное сотрудничество таможенников с органами охранки и сыска внесло соответствующие коррективы в методику борьбы с контрабандой. Наверняка использовался и опыт русской разведки и контрразведки, организационное становление которых началось в период русско-японской войны.
Совершенствование механизма борьбы с контрабандой было прервано событиями первой мировой войны и последовавшим вслед за Великой Октябрьской социалистической революцией периодом интервенции и гражданской войны.