Чтобы создать необходимую систему материальной поддержки, бин Ладен зимой 1993 года отправился на Филиппины. Он представлялся богатым инвестором из Саудовской Аравии, жаждавшим помочь братьям-мусульманам в южных островах страны. Несколько правительственных чиновников помогали ему покупать недвижимость и открывать банковские счета. Позже, когда бин Ладен уже не мог свободно путешествовать, материальной поддержкой сети стал заниматься его зять, Мохаммед Дж. А. Халифах. Деньги теперь переправлялись курьером. В декабре 1994 года Халифах был арестовав в Сан-Франциско иммиграционными властями и депортирован. Его присутствие в Соединенных Штатах было чрезвычайно важно для конечных планов сети. Летом 1998 года Халифах усердно отрицал то, что он финансировал группу Абу Саяфа — наиболее воинственную исламистскую террористическую организацию на Филиппинах.
В начале 1994 года на Филиппины прибыло несколько ячеек опытных террористов — в основном арабских «афганцев», — которые основали оперативные группы по всей стране, главным образом в крупных городах. Одним из руководителей этого мероприятия был Рамзи Ахмад Юсуф, который в начале 1993 года руководил взрывом Всемирного торгового центра в Нью-Йорке. Целью этих ячеек была подготовка эффектных операций в Восточной Азии; кроме того, они должны были служить базой для проведения операций в Соединенных Штатах.
Сначала сеть запланировала убийство президента Клинтона во время его визита в Манилу в 1994 году. Но террористам не удалось добыть необходимые сведения о том, как прорвать кольцо охранников президента, и операция была отменена.
Главными запланированными операциями в Восточной Азии были убийство Папы Римского во время его визита в регион и одновременный взрыв двух американских авиалайнеров. Сеть также планировала помочь лидеру местных исламистов Абу Саяфу в проведении сложных операций — чтобы, с одной стороны, поддержать его борьбу с правительством, а с другой, усилить его положение среди других исламистских организаций на южных островах.
11 декабря 1994 года сеть взорвала бомбу на принадлежащем Филиппинским авиалиниям «Боинге-747», который летел из Кебу в аэропорт Нарита (Токио). Используя фальшивые итальянские документы, Юсуф лично установил бомбу на борту, а потом благополучно сошел с самолета на промежуточной остановке в Маниле. Бомба разорвалась, но самолет уцелел, потому что летел очень низко, а бомба была очень маленькой. Этот взрыв был пробой перед крупной операцией; которую готовил товарищ Юсуфа, Сайд Ахман: он собирался одновременно взорвать в воздухе два американских «Боинга-747», когда они будут подлетать к Гонконгу с разных направлений. Но этот план не был выполнен, потому что сеть прекратила существование.
Организация Абу Саяфа в Маниле взяла на себя ответственность за взрыв в декабре 1994 года. Причем организация настаивала на этом, несмотря на всеобщее сомнение, вызванное тем, что у организации не было опыта сложных операций и к концу 1994 года она так и не провела ни одного террористического акта в Маниле. Когда в начале января 1995 года были раскрыты планы покушения на Папу, организация Абу Саяфа снова взяла на себя ответственность и заявила, что операцию готовил ее «манильский отряд» во имя «исламской освободительной борьбы против манильского правительства и католической церкви».
Покушение на жизнь Папы Римского было предотвращено в начале января 1995 года, когда у членов манильской ячейки опытных террористов, включая Юсуфа, произошел несчастный случай. Террористы неправильно смешали взрывчатые вещества: смесь начала испускать ядовитые испарения, и террористы были вынуждены бежать из конспиративной квартиры. Там полиция обнаружила доказательства существования более широкого плана операций на Филиппинах и в Соединенных Штатах. В Маниле было арестовано несколько террористов, включая Сайда Ахмана, который позже был выдан Соединенным Штатам, в то время как остальные, включая Юсуфа, бежали в Таиланд. Из Таиланда Юсуф затем отправился в Пакистан. Правительство США предоставило Исламабаду точную информацию о местонахождении Юсуфа (это был гостиничный комплекс, который содержала связанная с бин Ладеном фирма) — это стало возможным благодаря сведениям, полученным от соседа. У Исламабада не было выбора: либо сотрудничать, либо войти в американский список террористов и подвергнуться жестким санкциям, предусмотренным законом. Однако всех товарищей Юсуфа и других исламистов-террористов, проживающих в комплексе, МВР благополучно эвакуировала до того, как отряд американских и пакистанских полицейских прибыл на место и арестовал Юсуфа, который впоследствии был выдан Соединенным Штатам. В конце марта 1995 года филиппинская полиция раскрыла еще одну ячейку исламистских террористов, состоящую преимущественно из арабских «афганцев», — на этот раз в пригороде Манилы Калукане. Среди этих «афганцев» были последователи шейха Омара Абдула Рахмана, которые обдумывали способы отомстить за его арест и унижение после взрыва Всемирного торгового центра.