Сначала небольшая команда, состоящая из офицеров суданской разведки и членов эфиопского «Исламского джихада», включая крайне опытных «афганцев», подыскала место для главной полевой базы. В конце апреля они арендовали виллу, которая должна была стать штаб-квартирой и тайным складом оружия.
В мае, когда подготовка уже приобрела конкретный характер, приготовления в Аддис-Абебе ускорились. Отряд из десяти заговорщиков отправился из Хартума в Аддис-Абебу. Их первой задачей (выполненной во второй половине мая) было выбрать возможное место для нападения и для развертывания бойцов. Они составили подробные карты всего района. При помощи эфиопских исламистов суданцам удалось найти источники в эфиопских органах безопасности. Эти офицеры снабдили команду подробной предварительной информацией о схеме проведения саммита, равно как о перемещениях и системе охраны всех участвующих в нем лиц.
В начале июня, когда было получено добро на проведение операции, команда из десяти человек переключила внимание на переправку на свою виллу оружия и взрывчатки. Кроме того, суданские террористы при помощи офицеров эфиопской госбезопасности подыскивали безопасные позиции для разворачивания трех вооруженных отрядов, а также обдумывали схему их безопасного бегства после завершения операции. Связи, установленные с эфиопскими офицерами госбезопасности, оказались очень полезными, так как заговорщики могли получать точные и своевременные сведения о прибытии и маршруте Мубарака.
В середине июня, во время поездок Завахири в Судан и Эфиопию, начались последние фазы приготовлений. Суданцы задействовали разветвленную сеть эфиопских исламистов для подготовительной работы — это были контрабандная переправка оружия и взрывчатки в Эфиопию; аренда транспортных средств, включая автомобиль, начиненный взрывчаткой; аренда многочисленных меблированных комнат и домов, в которых должны были жить заговорщики, и наполнение их едой и всем необходимым. После визита Завахири, когда эти приготовления уже были завершены, суданская разведка эвакуировала около тридцати эфиопских исламистов из Аддис-Абебы в Хартум. Эти люди слишком много знали о готовящейся операции, и суданцы не хотели рискованных последствий в случае ареста и допроса любого из них.
Оружие, доставлявшееся в то время, не оставляло никаких сомнений о непосредственном участии в операции суданского правительства. Практически все оружие, конфискованное у террористов в Аддис-Абебе, принадлежало суданской армии. Серийные номера конфискованных гранатометов РПГ-75 показывали, что они находились на вооружении суданской армии и были изготовлены в Китае. А изъятое стрелковое оружие российского производства было из той же серии, что и то, что было обнаружено египетскими военными на суданской границе, — это было оружие, которым снабжались египетские исламисты в суданских учебных лагерях.
В середине июня Тураби взял под свое личное наблюдение процесс подготовки операции в Аддис-Абебе. Высокопоставленный офицер суданской разведки по имени Сирадж Мухаммад Хусейн, известный также как Мухаммад Сирадж, прибыл в Аддис-Абебу и принял оперативное командование над реальным осуществлением операции. Полковник Абдул-Азиз Джафар, офицер суданской разведки, бежавший в Египет, опознал Сираджа как майора Мухаммада Сирадж-аль-Дина из суданской разведки. Согласно источнику из египетской службы госбезопасности, Мухаммад Сирадж — это тот самый офицер, который в качестве суданского консула, работающего под псевдонимом в Нью-Йорке в 1993 году, активно участвовал во взрыве Всемирного торгового центра, а также в заговоре 4 июля, имевшем целью взрыв здания Объединенных Наций.
Сирадж очень быстро показал себя превосходным координатором действий исламистов в Аддис-Абебе. Он лично занимался получением и распространением разведывательной информации, чтобы обеспечить максимум секретности. Он следил за обустройством арендованной виллы, используемой как главный тайный склад оружия, и альтернативной резиденции, где преступники могли отсидеться в ожидании отправки их обратно в Хартум. И лишь примерно 20 июня, когда Сирадж высказал удовлетворенность уровнем безопасности предварительных приготовлений, началась настоящая заброска заговорщиков на территорию Эфиопии.