Уже в 98-м году начата работа над получаемыми из Франции и САСШ чертежами броненосцев. Фаворит определился сразу — «Форж э'Шантье». Однако пришлось признать, что повторить французский проект на русских заводах в точности не удастся. А потому началось проектирование по мотивам французского оригинала, приведшее к появлению проекта броненосцев типа «Бородино», четыре единицы которых намечено было заложить в Санкт-Петербурге и один в Николаеве.
В 99-м был заложен броненосный крейсер Громобой со спаренной артиллерией главного калибра в башнях, а с 1900 началась закладка броненосцев «Бородино».
С 98-го года начался постепенный переход на торпеды калибра 457 мм. Но серия «Варягов» так и осталась с торпедами калибра 381 мм, как и миноносцы старых серий. Не удалось заменить на них и малокалиберную артиллерию.
В 1900-м году началась закладка серии крейсеров типа «Богатырь». По одному крейсеру в Петербурге и в Севастополе. Эта серия, как и серия новых броненосцев оказалась не точной копией иностранного прототипа, а компиляцией из удачных решений разных проектов на основе проекта верфи «Германия». С самим «Богатырем» произошла интересная история. Изначально в проекте верфи «Германия» фигурировали башни со спаренной установкой 6» орудий в оконечностях. Но в Морском ведомстве сильно опасались, что подобная мера может привести к излишней перегруженности и к валкости столь длинного и узкого корабля. Поэтому предложили фирме ограничится развитым щитом для спарки в целях уменьшения верхнего веса. Указание изготовитель выполнил. Но впоследствии на испытаниях выяснилось, что скорость поворота спарки орудий вручную слишком мала. А гидравлический поворотный механизм было уже устанавливать некуда. И сошлись на электрическом поворотном механизме, чего никогда не было на российских кораблях. А чтобы не задерживать сдачу корабля, фирме поручили разработать эти механизмы и прислать их в Санкт-Петербург. На «Богатырях» русской сборки изготовление электрического поворотного механизма выполняла уже компания Агренева. Александру достался также заказ на изготовление части брони толщиной до трёх дюймов для крейсеров отечественного изготовления. Впрочем, эту броню он поставлял ещё на «Русича».
Первого «Богатыря» отечественного изготовления нарекли «Витязем», но в апреле на верфи произошел пожар, в котором сгорел деревянный эллинг, где собирался корпус крейсера. Поврежденные пожаром днищевые конструкции пришлось списать на металлолом. Новый крейсер взамен погибшего был заложен в конце 1901 года в Новом Адмиралтействе.
Возник вопрос с постройкой малых крейсеров по типу германского «Новика» верфи Шихау. Имелось только одно стапельное место на верфях на Балтийском заводе под необходимую пару крейсеров-разведчиков. И хотя на постройку кораблей претендовал Невский завод и было чёткое указание Императора на то, чтобы строить флот на отечественных верфях, Великий князь Александр Михайлович поступил по-своему. Он отдал постройку одного Балтийскому заводу, а второго верфи в Шихау, поскольку она гарантировала максимально скорую постройку ещё одного. А так как спешка была великая, то в проект внесли только минимальные изменения. Этот шаг Сандро оправдал тем, что Невский завод до этого времени ничего крупнее миноносцев не строил. Да и те желательно бы получать от этого завода дешевле, быстрее и лучше качеством, чем было до сей поры. Причём миноносцы, которые сейчас строит верфь, флоту нужны никак не меньше, чем крейсера.
В 1901 году были выделены некоторые дополнительные ассигнования на флот. На эти деньги началась постройка в Порт-Артуре крупного сухого дока, и заказаны землечерпалка и плавдок для порта Дальнего. Причём Михаилу, Сандро и Агреневу удалось таки в 1901-м году убедить Витте отказаться от быстрого развития порта Дальнего. И делать это постепенно по мере развития грузопотока. Все равно КВЖД ещё только строилась, и пока портовых мощностей Порт-Артура и Владивостока вполне хватало для обслуживания всех имеющихся потребностей.