Постройки Тимура, в создании которых он принимал деятельное участие, обнаруживают в нем редкий художественный вкус. Каждую победу Великий эмир отмечал постройкой памятного сооружения. Поразившие Тимура архитектурные красоты покоренных городов он тут же перенимал для строительства в его родной столице. Легенда гласит о том, что перед тем как сжечь Дамаск, Тимур приказал скопировать чертежи знаменитого купола мечети, который был воспроизведен в Самарканде. Этот луковичный купол впоследствии стал украшать дворцы махараджей Индии и церкви Руси. «Я приказал строить мечети и монастыри в городах, караван-сараи – на дорогах и мосты на реках», – говорил Великий эмир и, окрыленный собственной затеей, наверняка испытывал состояние счастья, глядя на то, какие красоты создаются по его приказанию.
Свои архитектурные ансамбли Тимур посвящал не только знаменательным событиям. Он стремился увековечить память о покинувших его любимых людях, как, например, мечеть Биби Ханум. Потеряв любимого внука, Тамерлан возводит в его честь мавзолей Гур-Эмир, ставший усыпальницей как его самого, так и других его потомков – Тимуридов (по образу и подобию этого величественного сооружения была устроена усыпальница французского императора Наполеона). Фамильная гробница Тамерлана и его наследников была воздвигнута в юго-западной части Самарканда в 1404 году. Установлено, что на месте мавзолея в XIV веке были воздвигнуты медресе (высшая школа у мусульман) и ханака (от персидского «хане» – «дом», «га» – «место» – в странах Ближнего и Среднего Востока странноприимный дом с мечетью и кельями, обитель дервишей) внука эмира Мухаммед султана, объединенные двором, от которого сохранился украшенный керамической мозаикой входной пештак, построенный, согласно надписи, Мухаммед ибн Махмудом Исфахани. Из состава зданий комплекса Мухаммед султана следует, что он задумывал строительство центра исламского образования, а не погребальный комплекс. Однако позже воля его властного деда придала иное значение комплексу, центром которого стал именно мавзолей. Конструкция и отделка арки главного портала ансамбля Мухаммедсултана выполнены все тем же мастером Мухаммедом ибн Махмудом Исфахани. Арка портала облицована резным кирпичом и разноцветной мозаикой. В 1403 году было начато сооружение гробницы, примкнувшей ко двору ансамбля с юга (против входа) и задуманной как самостоятельное архитектурное произведение.
Реставрационные работы, проходившие в 1950-х годах, коснулись только наружных куполов и глазури. В следующий раз к реставрации комплекса приступили в 1967 году. Гур-Эмир послужил прообразом для известных памятников архитектуры эпохи Великих монголов: мавзолея императора Хамэйуна (Хумаюна) в Дели и мавзолея Тадж-Махал в Агре, построенных потомками Тимура, которые в свое время были правящей династией Северной Индии. Строительство мавзолея, начатое в 1403 году, было связано с внезапной смертью Мухаммед султана, прямого наследника Тамерлана и его любимого внука. Завершил строительство Улугбек (выдающийся правитель, астроном и математик, построивший обсерваторию в Самарканде), другой внук Тамерлана, доведя до необходимого состояния семейный склеп династии Тимуридов.
В архитектуре комплекса доминирует огромный ребристый купол (диаметр купола 15 метров, высота 12,5 метра), немного нависающий над высоким цилиндрическим барабаном. Нижняя часть здания представляет собой восьмигранник, в наше время почти полностью скрытый множеством более поздних пристроек; к северу обращен небольшой портал. Пропорции постройки таковы, что на долю купола и барабана приходится более половины общей высоты здания. Купол покрыт узором из голубых и синих изразцов, что колористически также выделяет его прекрасную ребристую форму. На барабане огромными буквами выложены надписи, содержащие восхваления Аллаху. Стены восьмигранника украшены белыми и бирюзовыми изразцами на фоне неглазурованного кирпича. Монументальной и величественной композиции красочных архитектурных масс соответствует пышное решение интерьера. Хорошо освещенное окнами крестообразное купольное помещение кажется большим и высоким, хотя на самом деле вершина внутреннего купола находится на 10 метров ниже верхней точки наружного покрытия. Стены внизу украшены мраморной панелью с вставками из зеленого змеевика и фризами с резными надписями, а выше расписаны синей краской и золотом. Рельефные розетки на плафоне купола имитируют звездное небо. Декоративное убранство дополняют решетки в окнах и поставленная при Улугбеке мраморная ажурная ограда вокруг надгробий. Настоящая могила находится этажом ниже в склепе под мавзолеем. Во время правления Улугбека на могиле Тамерлана была установлена надгробная плита из темно-зеленого нефрита. Раньше этот камень служил местом поклонения во дворце китайских императоров и как трон Кабек Хана (потомка Чингисхана).