Трансоксиана и Хорезм (который, несмотря на свои историю и культуру, в известной мере являлся частью Туркестана) представляли собой страны урбанизованные и отчасти сельскохозяйственные. Уже в первые века хиджры там получили развитие такие крупные очаги мусульманской цивилизации, как Ургенч, Бухара, Самарканд, Балх (Бактрия) и Газни, чья история уходит корнями во мрак времен. Их особенность признавал даже Чингисхан, давший Трансоксиане мусульманского правителя, Махмуда Ялавача, резиденция которого находилась в Ходженте. Сей человек, а также его сын и внук, сменившие его на этом «посту», трудились над переустройством страны и возрождением разрушенных городов. Их усилия не оказались бесплодными: «раны были залечены», экономика восстановлена. Бухара, например, расцвела столь пышно, что, кажется, именно тогда она пережила наиболее счастливые дни своей истории, невзирая на опустошения, причиненные ей Ильханами, осадившими этот город в 1273 году. Джувейни утверждал, что равного ей в мире не было ничего, а Марко Поло увидел в ней «самый лучший город Персии».
У владетелей этой империи, Джагатаидов, коих титуловали оберегателями
Вплоть до 1261 года Джагатаев улус оставался в жесткой зависимости от Агаханов, которые никогда не отказывали себе в удовольствии вмешиваться в его дела, в частности для интронизации угодных им князей. Умершему в 1242 году Джагатаю наследовал его внук Кара-Хулегу (1242–1246). Это был сын того Матугена, который погиб в сражении под Бамианом, афганским городом, известным огромными скульптурами Будды, вырезанными прямо в скале, и которого так оплакивал Чингисхан. Кара-Хулегу был еще юн, и в продолжение четырех лет власть находилась в руках вдовой императрицы, как это было принято в Каракоруме, где в период между кончиной Великого хана и вхождения в возраст наследника правили регентши. Затем, в 1246 году, Гуюк поставил во главе улуса Ису-Мангу (1246–1252), человека малоспособного, отдавшего бразды правления жене и своему министру-мусульманину. Он принял сторону Угедея, противившегося избранию Мунке на верховную должность, и был смещен. Мунке возвратил на трон Кара-Хулегу (1252), но тот преставился чуть ли не на следующий день. Его вдова Органа-хатун, личность незаурядная, взяла власть в свои руки и правила страной до 1261 года.