Тимур был доволен таким оборотом дела, он думал сделать Тохтамыша своим верным вассалом и проводником своей политики в Улусе Джучи. Тохтамыш, однако, не оправдал надежд Тимура и, став акордынским ханом, пошел по стопам политики Урус-хана, т.е. начал внутри Улуса Джучи борьбу за объединение и создание сильной Золотой Орды. Воспользовавшись полным ослаблением Мамая, которого Дмитрий Донской разбил на Куликовом поле в 1380 г., Тохтамыш в том же году двинулся на Мамая и на р. Калке нанес ему быстрое и сокрушительное поражение.
Победа эта дала возможность Тохтамышу захватить власть в Золотой Орде и объединить вновь обе части Улуса Джучи. С каждым годом росли и усиливались противоречия между Тимуром и его коварным, но энергичным ставленником. Тохтамыш делал как раз то, против чего готовил его Тимур. Стремясь вернуть Золотую Орду к лучшим дням времениУзбек-хана (1312-1340), Тохтамыш начал ряд походов за расширение золотоордынской территории, в том числе в Закавказье и Азербайджане, послав большое войско в 1385 г. для захвата Тебриза.
Великодержавная политика Тохтамыша была неприемлема для растущего тимуровского государства в Мавераннахре. Тохтамыш не только был помехой деятельности Тимура, но вместе с тем представлял интересы государства, которое в сущности своей было полной противоположностью государству Тимура в Мавераннахре. Золотая Орда была искусственным государственным объединением. Она держала власть над культурным населением Крыма, Поволжья, Хорезма средствами грубейшего насилия. Ведь власть была в руках тюрко-монгольской кочевой знати, точнее монгольской династии из дома Джучидов, которая опираясь на военные силы, эксплуатировала богатые земледельческие области и культурные города Поволжья, Болгар, Крыма и Неверного Кавказа. Население этих областей мечтало о падении власти монголов и полном своем освобождении. Иное, как мы видели выше, наблюдалось в Мавераннахре. Здесь население земледельческих областей и городов жаждало объединения в единое, большое государство, так как это объединение могло вывести страну из феодальной разрухи.
Тохтамыш в конце 80-х годов явно искал случая для столкновения с Тимуром, стремясь отвлечь его от иранских дел. В 1387-1388 гг. Тохтамыш, используя отсутствие Тимура, совершил нападение на Мавераннахр и начал подстрекать Хорезм к восстанию против Тимура. Хорезмшах Сулейман Суфи легко пошел на это, чем вызвал гнев Тимура. В 1388 г. Тимур совершил последний поход на Хорезм. Заняв Ургенч, Тимур ликвидировал династию Суфи и приказал переселить жителей Ургенча в Самарканд, а самую столицу сровнять с землей и посеять на ней ячмень. В течение десяти дней войска Тимура грабили богатый и прекрасный город. Много жителей Ургенча, особенно ремесленников, было переселено в Мавераннахр, однако город не мог быть сровнен с землей и сохранил несколько своих прекрасных зданий. В 1391 г., во время похода против Тохтамыша, Тимур отдал распоряжение восстановить город. Так прекратило самостоятельное существование небольшое, но богатое и культурное Хорезмское княжество. С тех пор Хорезм вошел в состав сначала государства Тимура, а потом - государства среднеазиатских Тимуридов. Таким образом, все земли Средней Азии, за исключением Семиречья и низовий СырДарьи, были объединены в руках Тимура.
Войны Тимура с Тохтамышем не преследовали захвата земель, за исключением небольшой группы сырдарьинских городов, лежавших ниже Саурана. Тимур стремился лишь к полному ослаблению Улуса Джучи, так как видел в могущественной Золотой Орде постоянную угрозу создаваемому им в Средней Азии государству. Против Тохтамыша, после 1380 г. ставшего могущественным ханом, Тимур провел три крупных похода - в 1389, в 1391 и 1394-1395 годах. Походы эти, так же как и походы на Хорезм, перемежались с походами в Иран, на Кавказ и к южным границам Руси. Для удобства изложения мы пока сосредоточили внимание на борьбе Тимура с Золотой Ордой.
Из указанных походов против Тохтамыша два последние должны остановить наше внимание. В 1391 г. Тимур выступил из Самарканда, зиму провел в Ташкенте и направился с 200-тысячным войском в степи теперешней Казахской ССР. В апреле 1391 г. у горы Улуг-таг, в районе расположения современного Карсакпайского рудника, Тимур приказал высечь на камне надпись, в которой говорится, что султан Турана Тимур с двумястами тысяч пошел по кровь Тохтамыша-хана. Надпись эта была обнаружена около десяти лет тому назад и ныне хранится в Ленинграде, в Государственном Эрмитаже. После долгих переходов огромное войско Тимура встретилось с войсками Тохтамыша в местности Кундузча, между Самарой и Чистополем. Здесь произошла 18 июня 1391 г. жаркая битва, закончившаяся полным поражением Тохтамыша.