Здесь Тамерлан получает известие, что в его владения вторгнулся возведенный им на престол Золотой Орды хан Тохтамыш, который одну часть своих войск послал на р. Сыр-Дарью и в Бухару, другую через Усть-Урт в Ховарезм, где он имел тайных союзников. Тамерлан, узнав, что Тохтамыш дошел уже до г. Бухары, поспешил подать помощь своим подданным и послал легкие отряды кратчайшим путем на город Иезд, а сам с главными силами обошел кирманскую соленую степь на Испагань и Тактапал (вероятно, нынешний Тегеран). Между тем Тохтамыш, узнав о приближении войск Тамерлана и разграбив часть его владений до р. Аму, удалился до прибытия главных сил Тамерлана, частью через Хоразм, частью через р. Сыр.
Тамерлан, прибыв в Самарканд, узнал, что в союзе с Тохтамышем были владетели Хоразма Иликмиш-Аглан и Солиман-Софи и узбеки, выславшие сильную армию со стороны Ташкента, под начальством эмира Анкатура, который, дойдя до р. Сыр, осадил г. Андекан, но, не могши взять его, принужден - был снять осаду и возвратиться в свои земли. Прежде, нежели начать войну с главным своим неприятелем, ханом Золотой Орды, Тамерлану надобно было управиться с ближайшими своими врагами, которые, в случае похода его в обширные приволжские и придонские степи, могли бы опять напасть на его собственные владения, и потому он немедленно направил свои войска в Ховарезм. Когда авангард его прибыл к речке Багдадек, то он послал разъезды для узнания о положении неприятельских сил; подойдя к реке Шедрис, он узнаёт, что Иликмиш и Солиман-Софи с своими войсками, забрав лучшее свое имущество, бежали к Тохтамышу. Тамерлан для преследования их отряжает своего сына мирзу Миранша с пятью эмирами, которые, следуя с необыкновенной быстротой по дорогам Комкент и Киз, успели настигнуть войска хоразмцев, разбили их, забрали их имущество и возвратились в Хоразм. Тамерлан, по возвращенииих, берет г. Ургендж (Ургенч), разоряет его совершенно, жителей с их имуществом переселяет в Самарканд, и на месте, где был Ургендж, приказывает посеять ячмень. Несколько лет спустя, по возвращении из похода против Тохтамыша, он позволил жителям Хоразма опять возвратиться на свою родину, но для наблюдения за ними велел построитьи укрепить города Кент и Хиву.
Предшествовавшее отторжение хоразмцев от власти джагатайских ханов, неоднократные войны их с Тамерланом и упорное сопротивление его оружию показывают, что Хоразм в это время был сильным государством, что население и объем его были значительно более нынешнего хивинского ханства, простираясь как по р. Аму, так и по называемому ныне старому руслу р. Аму, и что г. Ургендж (Ургенч), лежащий ныне в развалинах был тогда большим торговым городом и обязан цветущим состоянием своиму выгодному положению в торговом отношении между ханствами потомков Гулагу и Джагатая и Золотой Ордой; через Хоразм шли тогда и товары Индии и Китая. Самая связь хоразмцев с Тохтамышем показывает, что они обогащались торговлей с Золотой Ордой. При теперешних наших сведениях трудно определить, как в то время перевозились товары к Ургенджу, сухим ли путем или водой по рекам Сыр и Аму и Аральскому морю к Каспийскому и потом Волгой. Судя по тому, что в Хиве и на низовьях р. СырДарьи находится множество развалин из обожженного кирпича, что Тамерлан для походов в Хоразм находил возможность быстро переправлять свою армию через р. Аму, надобно полагать, что в то время в Хорезме не было в лесе недостатка и что судов по р. Аму было немало.
Управясь с Ховарезмом, Тамерлан обратил свое оружие против войск, расположенных в ближайших восточных частях кипчакской орды, послав свои войска к низовьям р. Сыр,разбив здесь и после нескольких сражений прогнав войска Тохтамыша, состоявшие из русских, черкесов, болгар, кипчакцев (вероятно, кайсаков), крымцев, греков, жителейКафы и Азова, башкир и даже москвитян, имевших в авангарде войска Хорезма, заставил их спасаться поспешным бегством по направлению к Уралу. Обеспечив себя с этой стороны, Тамерлан в 1389 году решается отомстить узбекам и сыну Тоглук-Тимура, Кезер-Ходжи-Аглану, и Анкатуре, нападавшим на него одновременно с Тохтамышем. Оставя для наблюдения за действиями Тохтамыша достаточные силы на низовьях р. СырДарьи, сам Тамерлан, с армией более чем в 100000 человек конницы, направляется в земли указанных врагов. Во время похода он увидел, что много лошадей было в худом теле, поэтому отделил из каждого десятка по три человека и, отправив их в Самарканд, лошадей их роздалдругим воинам, так что с запасными лошадьми у каждого воина было по две лошади.