Между 1360 и 1370 гг. нет никаких известий о сношениях Тимура с шейхами и другими представителями ислама. В это десятилетие, положившее начало его будущему могуществу, Тимур занимался исключительно военным делом, к которому приучил себя еще с десятилетнего возраста войной и охотой, принимал участие в борьбе между чагатаями и моголами, причем переходил то на одну, то на другую сторону, старался укрепить родственными связями союз с теми, кто был ему необходим, собирал вокруг себя приверженцев, преимущественно из барласов, которые потом верно служили ему до конца его жизни, но не терял бодрости и при неудачах, даже когда ему приходилось оставаться в полном одиночестве. Особенно тяжелы были для Тимура события, происходившие около 1362 г. Тимур и внук Казагана Хусейн были взяты в плен туркменами на Мургабе и 62 дня провели в заключении в селении Махан; наконец, местный правитель Али-бек отпустил их, но не снабдил их нужным для путешествия; в этой беде им пришел на помощь Мубарек-шах, один из «богатых туркмен Махана», предводитель племени санджари; за эту услугу потомки Мубарек-шаха еще при преемниках Тимура пользовались уважением. На Аму-Дарье Тимуру оказала помощь его старшая сестра Кутлуг-Туркан-ага, прибывшая к нему из окрестностей Бухары; потом Тимур 48 дней скрывался у сестры в Самарканде. После этого Тимур и Хусейн во главе отряда в 1000 человек очутились в Сеистане, куда их призвал местный владетель против своего врага. Здесь Тимуру были нанесены стрелами раны, от которых он страдал потом всю жизнь; на правой руке были перерезаны некоторые жилы (по Клавихо, Тимур, кроме того, лишился двух пальцев), так что рука засохла; правая нога осталась хромой (отсюда прозвание Тимур-«хромец»: ленг по-персидски, аксак по-турецки). К тому же событию относится известный анекдот о Тимуре и муравье. Много лет спустя, в 1383 г., Тимур в Сеистане встретил того предводителя, которым некогда был ранен, и велел расстрелять его из луков.
Несмотря на все злоключения, Тимуру и Хусейну в конце концов удалось победить своих внешних и внутренних врагов и захватить власть в Мавераннахре; внук Казаган сделался главным эмиром, Тимур - его правой рукой. Союз между ними с самого начала был укреплен браком; уже в рассказе о столкновении с туркменами на Мургабе упоминается, в качестве жены Тимура, сестра Хусейна Улджай Туркан-ага. Родственные отношения, однако, не предотвратили столкновения между эмирами. В 1366 г., после усмирения самаркандского движения, Хусейн наложил пеню на друзей Тимура; чтобы помочь своим друзьям, Тимур отдал всё, что мог, в том числе и серьги своей жены; Хусейн узнал украшение, но не возвратил его; вскоре после этого Улджай Туркан-ага умерла, и с ее смертью окончательно порвалась связь между прежними товарищами.
Между 1366 и 1370 гг. Тимур то находился в войне с Хусейном и сближался с его врагами, то примирялся с ним и по его поручению сражался со своими прежними союзниками. Особенно характерны отношения между Тимуром и эмиром Кайхусрау, владетелем области Хутталян (между Вахшем и Пянджем). Хусейн еще в 1360 г. казнил его брата Кайкубада; во время войны с моголами в 1361 г. Кайхусрау перешел на сторону хана и сделался его «зятем», женившись на его двоюродной племяннице Тюмень-Кутлуг; когда Кайхусрау в 1366 г. вернулся в Ташкент, Тимур находился в ссоре с Хусейном, сблизился с Кайхусрау и посватал за своего сына Джихангира Ракийе-ханике, дочь Кайхусрау и Тюмень-Кутлуг. В 1369 г. Тимур в качестве верноподанного эмира Хусейна усмирял восстание Кайхусрау и заставил его бежать на Алай; в 1370 г. Кайхусрау присоединился к Тимуру, восставшему против Хусейна, и после взятия Хусейна в плен получил возможность применить к нему признанный Кораном закон кровомщения (кисас); в 1372 г., во время войны с хорезмийцами, Кайхусрау был обвинен в измене и предан казни, на основании ярлыка, изданного подставным ханом Суюргатмышем; приговор был выполнен, на основании кисаса, нукерами Хусейна.
В 1370 г., в разгар борьбы с Хусейном, Тимур приобрел нового духовного покровителя, сейида Береке; о его происхождении приводятся разноречивые известия. Сейид остался в государстве Тимура и получил в удел город Андхой, остававшийся и в XV в. во власти его потомков. По словам Шереф ад-дина, сейид после этого всегда сопровождал Тимура; после смерти они были похоронены в одном мавзолее, причем лицо Тимура было обращено в сторону сейида.