К сожалению, кроме Шереф ад-дина (и писавших с его слов), ни один автор не упоминает ни о перенесении праха сейида из Андхоя в Самарканд, ни о перенесении праха Тимура и его внука из одного здания в другое. Трудно допустить, чтобы и то и другое могло произойти до 1409 года. Во-первых, слова Ибн Арабшаха ясно показывают, что обстановка мавзолея между 1405 и 1409 годом оставалась без изменения; во-вторых, Самарканд в это время принадлежал Халилю, Андхой — Шахруху; отношения между этими владетелями были настолько враждебны, что перенесение тела сейида из Андхоя в Самарканд в эти годы едва ли вообще было возможно. Труд Абд ар-Реззака, всецело основанный на труде Хафиз-и Абру, дает не вполне правильное представление о событиях; как при жизни Тимура в первоначальной редакции «Зафар-Наме» была обойдена молчанием ссора между Тимуром и Мираншахом, так придворный историк Шахруха, очевидно по желанию своего государя, в своем рассказе о борьбе Шахруха с Халилем и другими родственниками многое смягчает, о многом умалчивает совсем. Договор 1405 года истолкован в смысле подчинения Халиля верховной власти Шахруха; упоминается о том, что Халиль обязался выдать Шахруху деньги, принадлежавшие сыновьям Шахруха Улугбеку и Ибрахиму и находившиеся в Самарканде, и что Шахрух отправил за этими деньгами своих посланцев, но умалчивается о результате посольства, о котором рассказывает один из его участников, историк Фасих; деньги не только не были выданы, но послы были вынуждены спасаться бегством; им пришлось скакать день и ночь, чтобы успеть переправиться через Амударью и вернуться к своему государю. В феврале 1406 года, во время битвы между Халилем и Пир-Мухаммедом, Улуг-бек и его опекун Шах-Мелик, несмотря на существовавшее между Шахрухом и Халилем соглашение, находились в войске Пир-Мухаммеда, причем между Шахрухом и Пир-Мухаммедом существовал союз. Шахрух требовал, чтобы Халиль уступил Самарканд Пир-Мухаммеду и удалился в удел, назначенный ему при Тимуре, именно «в область Байлакана, Берда, Грузию, Армению и Тифлис до пределов Трапезунта».
Как строгий блюститель шариата, Шахрух не мог не очистить мавзолея Тимура от языческого убранства; но очень вероятно, что в Самарканде его распоряжение вызвало некоторое неудовольствие, особенно среди военного сословия. Перенесение тела сейида из Андхоя, может быть, имело целью успокоить недовольных; было известно, что сейид пользовался при Тимуре большим уважением. Можно, однако, сомневаться в том, действительно ли Тимур желал быть похороненным рядом с сейидом, или это желание было только приписано ему Шахрухом. Сейид умер зимой 1403-1404 годов в Карабаге, и тогда же было приказано отправить его тело в Андхой, где находился его удел и где жили его родственники. Если бы это погребение считалось только временным, то для сейида, вероятно, строился бы мавзолей в Шахрисабзе; но об этом нет никаких сведений.
Известия о личности сейида Береке и о степени его влияния на Тимура довольно скудны. Противоречивы известия о его происхождении; по словам Ибн Арабшаха, он, по некоторым известиям, происходил из Египта, по другим — из Медины, по другим — из Мекки; Тимур по его просьбе подарил ему Андхой, причислявшийся к вакфам священных городов (Мекки и Медины), и эта местность еще при Ибн Арабшахе считалась собственностью потомков Береке. По словам Шереф ад-дина, сейид впервые выступил в 1370 году, незадолго до победы Тимура над Хусейном. Береке принадлежал к меккским шерифам и прибыл в Хорасан по делам вакфов священных городов; Хусейн не только ничего не дал ему, но даже не оказал ему должного уважения; тогда он обратился к Тимуру и принес ему барабан и знамя; Тимур исполнил все его желания и передал в его распоряжение все суммы вакфов; о том, что эти вакфы находились в Андхое, Шереф ад-дин не упоминает.