В 60-х годах внуку Чагатая Алгую удалось выгнать из Мавераннахра золотоордынских чиновников и восстановить Чагатайский улус. Опираясь на 15-тысячное войско, Алгуй в Чагатайском улусе мог чувствовать себя прочно. В Самарканде, Бухаре и других местах Мавераннахра люди Алгуя сводили счеты со всеми, кто служил Джучидам[11] в годы изгнания Чагатаидов. Среди пострадавших за связи с Берке-ханом был и сын знаменитого бухарского шейха Сейф ад-дина Бахарзи. В связи с арестами и казнями была проведена конфискация личного имущества казненных. Было восстановлено в Чагатайском улусе правление откупщика Масудбека. Согласно описаниям Рашид ад-дина, Масудбек, по приказу Мунке-каана, кроме Мавераннахра, управлял еще городами уйгуров, Ферганой и Хорезмом. Таким образом, Масудбек был откупщиком в Чагатайском улусе с небольшим перерывом со времени отъезда его отца Махмуда Ялавача[12] в 1248 году к великому хану Угедею и до своей смерти в 1289 году. Чагатайские ханы мало вмешивались в дела управления Мавераннахром и интересовались главным образом доходами с него, которые аккуратно поступали от Масудбека как откупщика налогов и податей. Рашид ад-дин рассказывает, что когда Алгуй-хан взял себе в жены ханшу Эргене-хатун, то, зная ее хорошее, полное доверия, отношение к Масудбеку, предоставил последнему Мавераннахр в бесконтрольное управление. Масудбек старался всячески угодить Алгую и беспощадно обирал земледельческое и ремесленное население городов. Благодаря таким поборам дела Алгуя улучшились настолько, что он мог содержать большое и хорошо вооруженное войско. В 60-х годах XIII века, вскоре после смерти Алгуя, внутри Чагатайского дома начались расхождения по вопросу о Мавераннахре. Чагатай и его ближайшее монгольское окружение были отрицательно настроены к исламу и исламской культуре. Однако чагатайские ханы — Мубарек-шах и Борак-хан — приняли ислам. Более того: церемония возведения Мубарек-шаха на чагатайский престол в 1266 году происходила не в долине реки Или, а в Мавераннахре, в долине реки Ангрена, что говорит о перемене взглядов на Мавераннахр и о желании хана быть вблизи этой богатой страны, если не в ней самой. Тогда же вместе с Мубарек-шахом в Мавераннахр перебрались и некоторые монгольские роды, в том числе джелаиры и барласы. Первые избрали местом своих кочевий долину Ангрена, вторые — долину Кашкадарьи. Эти роды пришли из Семиречья уже в какой-то мере в отношении языка отюреченными. Процесс отюречивания на новых местах ускорился; не прошло и столетия, как джелаиры и барласы вошли в состав тюркских племен.
Политика усиления внимания к Мавераннахру в некоторых кругах Чагатайского дома, особенно среди кочевий монгольской аристократии, встречала резкую оппозицию. Под влиянием последней чагатайский хан Кайду в 1269 году собрал в Таласской долине курултай монгольских царевичей и нойонов. На курултае победили противники ориентации на Мавераннахр, и участники курултая заключили, по словам Рашид ад-дина, между собой договор, «что они впредь будут жить в горах и степях, не будут держаться вокруг городов, не будут пускать скот на засеянные поля и делать необоснованные взыскания с подданных».
Постановление курултая 1269 года не могло, однако, затушевать глубокого противоречия внутри Чагатайского улуса по вопросу о Мавераннахре. Ханы все больше сочувствовали переходу к городской жизни и стремились взять непосредственно в свои руки власть над богатой, культурной страной — Мавераннахром. Более того: все больше углублялись различия между монголами Семиречья и джелаирами и барласами, осевшими в Мавераннахре. Оставшиеся в Семиречье чагатаи смотрели с презрением на чагатаев, переехавших в Мавераннахр и утративших тем самым чистоту кочевнических традиций, и презрительно именовали их «караунасами», то есть метисами. В свою очередь последние рассматривали чагатаев в Семиречье как отсталых и грубых варваров и называли их «джете», то есть разбойниками[13]. Чагатайский улус постепенно распался на две части: Мавераннахр и Моголистан, включающий в себя, кроме Семиречья, Кашгар. Однако это произошло только в XIV веке.