Первым решился выступить внук Тимура Султан-Хусейн. После того, как скороспелая попытка захватить трон провалилась, он бежал к Шахруху, который довольно быстро казнил неудачника. Из Отрара в столицу поспешили верные эмиры Тимура Шах-Малик и Шейх-Нураддин, которые намеревались помочь Пир-Мухаммеду занять трон, но их встретили закрытые ворота. Правитель Самарканда уже договорился с молодым претендентом на трон Халил-Султаном и отказался впустить их. Короче говоря, решающую роль сыграла география. Халил-Султан, который оказался ближе всех к столице в момент смерти деда, захватил власть. В 1406 году законный наследник собрал армию и двинулся на север, чтобы дать бой узурпатору. Однако Халил-Султан разгромил его. А через год «верные» эмиры устроили заговор и убили Пир-Мухаммеда.
Впрочем, правление Халил-Султана оказалось недолгим. Он пришел к власти, опираясь на армию, набранную в основном за пределами Марвераннахра. Этих людей совершенно не интересовала междоусобица внутри семьи Тимура, и они не были слишком привязаны к своему командиру. Их следовало покупать и подкупать, как делал Тимур со многими племенами и народами, которые покорил во время своих походов. Их верность можно было приобрести, только распределяя между ними военную добычу, позволяя им грабить дворцы и города покоренной Азии, лишь тогда солдаты победоносной армии были готовы идти за своим полководцем. Смерть Тимура все перевернула с ног на голову. Халил-Султан оказался привязан к своим владениям, он не мог решиться пересечь их границы, чтобы продолжить завоевания, от которых зависело процветание империи его деда. В течение четырех лет он опустошал сундуки Самарканда, раздавая деньги своим сторонникам, к чему его подталкивала честолюбивая жена. Шади-Мульк наслаждалась своим молниеносным взлетом. Она вышла из гарема, чтобы стать первой принцессой, а в разгоряченных мечтах видела себя императрицей. Под ее влиянием Халил-Султан прогонял одного эмира за другим, пока не оказался целиком под влиянием своей прекрасной супруги. Арабшах сухо заметил: «Это была форменная глупость и безумие. Может ли быть счастливым тот, кто позволяет жене править собой?»
К 1409 году раздавать уже было нечего. Сторонники Ха-лил-Султана, поняв это, начали разбегаться, ведь в других местах перспективы выглядели более заманчивыми. В конце концов и сам Халил-Султан со своей поредевшей армией направился к дяде Шахруху. Тот принял племянника с распростертыми объятиями и тут же отравил его. По словам Арабшаха Шади-Мульк была ограблена. «Взяв кинжал, она приставила его к горлу и с такой силой упала на него, что острие пробило голову. Она сожгла все, что ей принадлежало, а потом оба были похоронены в одной могиле».
Шахрух подавил череду мятежей, которые не раз вспыхивали в принадлежащей ему провинции Хорасан, а потом захватил власть. Он перенес столицу в Герат, оставив Самарканд в руках своего одаренного сына Улугбека. Следующие сорок лет стали золотым веком цивилизации Тимуридов. Империя сохранила свои основные владения, и после нескольких десятилетий непрерывных войн сумела-таки насладиться плодами мира. Шахрух и его жена Гаухар-Шад были щедрыми покровителями искусств и литературы, именно в период их правления культура эпохи Тимуридов достигла наибольшего расцвета. В Самарканде правитель-астроном посвятил себя занятиям математикой, медициной и музыкой. Улугбек любил поэзию, как и его отец, и усердно изучал историю, географию, философию и теологию. Но самыми главными его творениями стали обсерватория и астрономические таблицы, которыми пользовались даже в XVII веке, когда в Англии было создано Королевское астрономическое общество. Продолжали воздвигаться величественные здания, их минареты устремлялись в небеса. Регистан считался подлинным чудом света, было построено великолепное медресе. Они увековечили память правителя-астронома. Хроникер писал: «Со времен Адама идо сегодня не было века, года, месяца или мига, когда люди наслаждались таким покоем и миром».
Но вскоре все великолепие обширной империи Тимура обратилось в пыль. К середине XV века Шахрух и Улугбек были мертвы. После тридцати восьми лет великолепного просвещенного правления правитель-астроном был убит собственным сыном. Уже через сто лет после смерти императора держава Тимура обратилась в ничто. Пророческое предсказание Тимура относительно раздоров в семье сбылось. Его величайшие посмертные дары — голубые купола гробниц и медресе, сверкающие минареты, роскошные парки и дворцы — были разбросаны по всей Азии как погребальные монументы погибшей империи. Лишь империя Моголов, которую основал на крыше мира в Индии Бабур, прапраправнук Тимура и самый блестящий из его потомков, напоминала об ушедшем величии.