В том же 1244 г. король Франции Людовик IX тяжело заболел и поклялся в случае выздоровления принять крест. Выздоровев, он организовал поход в Святую землю, который начался в августе 1248 г. Христианские войска долго оставались на Кипре, прежде чем нанести удар по Дамиетте, располагавшейся в дельте Нила, которая была захвачена без особых трудностей (1249). Однако следующая битва при Мансуре («Победная») после первоначального успеха оказалась проигранной. Стратегические советы Магистра Ордена тамплиеров Гильома де Сонака не были приняты во внимание братом короля Робером д'Артуа, который командовал армией, а результатом неосмотрительного преследования противника стала смерть его самого, а также гибель графа Солсбери и двухсот сорока рыцарей Ордена тамплиеров, которые их сопровождали (1250).
Гильом де Сонак, лишившийся глаза от удара копья, умер при отступлении крестоносцев, во время которого сам Людовик IX был взят в плен. Выкуп за его освобождение, назначенный султаном Бейбарсом, был непомерно высок, а королевская казна такими средствами не располагала. Недостающую часть попросили в долг у тамплиеров. В лице Рено де Вишье, будущего Магистра, Орден ответил отказом, сославшись на положения Устава, и подсказал королю мысль прибегнуть к силе и таким путем завладеть деньгами тамплиеров. Совет был услышан, но освобожденный король затаил глубокую обиду за то, что с ним обошлись слишком высокомерно, желая показать независимость Ордена от светской власти. Поэтому, когда тамплиеры возобновили свои обычные союзнические отношения с Дамаском, Людовик IX потребовал, чтобы Рено де Вишье отказался от заключенных договоров и публично покаялся. Потеряв, таким образом, уважение своих соратников, Рено подал в отставку (1252) и уступил место Тому Берару.
Уход со Святой земли
Людовик IX вернулся из Святой земли во Францию в 1254 г., оставив на своем содержании постоянный полк французов в Акре. Гарнизоны тамплиеров по-прежнему стояли во многих крепостях, но они мало что могли противопоставить тем силам, которые оказывали им противодействие в Европе по экономическим и политическим причинам. Помимо ужесточившейся борьбы между гвельфами и гибеллинами, следует отметить, что в политическую игру вступили итальянские приморские республики со своими противоречивыми интересами, которые смотрели на Ближний Восток как на источник очень выгодных морских перевозок. В данных условиях, сложившихся в Европе, тамплиеры поддержали избрание королем Иерусалима Гуго Кипрского, заручившись согласием Венеции и Пизы, в то время как госпитальеры, вновь ставшие противниками, предлагали Конрада Швабского, став на сторону Генуи и Испании.
В 1257 г. новое нашествие монголов завершилось взятием Дамаска. Возможности заключения договора с народом-завоевателем против мусульман христиане Святой земли предпочли выступление на стороне султана Бейбарса. Султану удалось нанести поражение монголам в 1260 г. и затем присоединить к своим владениям Египет, убив его султана. Теперь он мог отказаться от тактического союза с христианами. В течение менее чем трех лет (1265-1268) он осадил и заставил капитулировать их основные крепости (Цезарею, Арзуф, Хайфу и Антиохию), пала крепость Сафад на Броде Иакова, которую тамплиеры восстановили в 1240 г., и Бофор, где резиденцию тамплиеров полностью сравняли с землей.
Запад ответил на эти события новым крестовым походом Людовика IX (1270), по предприятие закончилось в Тунисе со смертью короля. Начиная с 1288 года христиане терпели поражение за поражением, вплоть до последней битвы, в которой вместе с последним королем Иерусалима Генрихом II, бывшим королем Кипра, сражались тамплиеры и госпитальеры. Театром боевых действий стала крепость св. Иоанна Акрийского, которая выдержала ожесточенную двухмесячную осаду (5 апреля – 28 мая 1291 г.). В конце концов, тамплиеры, безуспешно пытавшиеся осуществить вылазку, оказались погребенными вместе с нападавшими при обрушении Башни Храма, которое они сами устроили. Немногие уцелевшие воины, запершись в Замке паломников (построенном в 1217 г. для контроля за подступами к горе Кармел), вынуждены были оставить его 14 августа 1291 г.
Оттуда они направились в Сидон, где избрали предпоследнего Магистра Ордена, и из Сидонского замка, который располагал собственным портом, погрузились на корабли и отплыли на Кипр с сокровищами Ордена.