Теологи Парижского университета признали законным арест тамплиеров, поскольку он был продиктован чрезвычайными обстоятельствами, но считали, что окончательный приговор мог быть вынесен только церковным трибуналом. Филиппу Красивому удалось получить от папы разрешение, чтобы дела арестованных тамплиеров расследовал Великой инквизитор Франции. В октябре и ноябре было допрошено сто тридцать восемь человек, из которых тридцать шесть не выдержали пыток, и только трое не признали себя виновными. В феврале 1308 г. папа объявил недействительным расследование, которое вел Великий инквизитор Франции, и решил передать его в высшую инстанцию.
В течение всего следствия поведение папы было лишено логики и твердости, колеблясь на грани протеста и подчинения королевской воле. После того как Филипп Красивый в марте 1308 г. собрал Генеральные штаты для того, чтобы все христиане требовали вынесения приговора тамплиерам со стороны Церкви, Климент V согласился (в мае) встретиться в Пуатье с королем и его сановниками для обсуждения проблемы, которая стала очень щекотливой. В этот трудный момент на встречу с папой были доставлены магистр ордена Жак де Моле и другие раскаявшиеся тамп лиеры для того, чтобы сам глава христианства убедился в святых намерениях, которые подвигли Филиппа и его эмиссаров начать аресты. Во всяком случае создается впечатление, что колебания папы в большей степени были вызваны возникшим юридическим конфликтом и осознанием угрозы, нависшей над собственностью церкви, чем судьбой самого Ордена.
Уже 22 ноября 1307 г. он написал послание монархам Европы с призывом арестовывать тамплиеров и брать под свою опеку их состояние в ожидании окончательного приговора. В том же 1307 г. папский двор отдал распоряжение церковным трибуналам начать судебные процессы против членов Ордена на Кипре и в Шотландии. Более того, после передачи полномочий по дальнейшему ведению расследования во Франции Великому инквизитору только в конце 1309 г. комиссии, приступившие к своей работе 12 августа предыдущего года для заслушивания и оценки доводов в защиту тамплиеров, начали вызывать на свои совещания наиболее видных представителей Ордена, начиная с Жака де Моле. Вопреки принятому обычаю и действующим правилам на допросах было разрешено присутствие королевских чиновников. Однажды произошло прямое столкновение Жака де Моле, с одной стороны, и Гильома Ногаре и Гильома Плезиана, – с другой, которые предъявили Магистру, твердо отстаивавшему правоверные позиции Ордена, серию новых обвинений, в том числе и сговор с Саладином с целью нанесения поражения христианам. В течение всего этого времени все тамплиеры находились в королевских тюрьмах.
Весной 1310 г. некоторые члены Ордена, относившиеся к очень узкому кругу образованных людей (культура не могла и не должна была быть прерогативой монаха-рыцаря), решили организовать свою защиту и им было позволено встретиться вместе в Париже за пределами тюрьмы, под присмотром королевских стражников. Но сразу же возникли споры, касавшиеся числа адвокатов-защитников, которых Орден имел право представить. Из-за затягивания решения этого вопроса и откровенной позиции по срыву договоренностей, занятой архиепископом Санским Филиппом де Мариньи, ему удалось собрать провинциальный церковный собор, который и вынес окончательный приговор пятидесяти четырем представителям Ордена. Поводом для того, чтобы не ожидать, как условились, окончательных решений комиссий, созданных папой, послужил отказ тамплиеров от ранее сделанных ими признаний на допросах. Наказанием за такой проступок было сожжение на костре, и этот приговор был в точности приведен в исполнение 12 мая 1310 г.