Уже 22 ноября 1307 г. он написал послание монархам Европы с призывом арестовывать тамплиеров и брать под свою опеку их состояние в ожидании окончательного приговора. В том же 1307 г. папский двор отдал распоряжение церковным трибуналам начать судебные процессы против членов Ордена на Кипре и в Шотландии. Более того, после передачи полномочий по дальнейшему ведению расследования во Франции Великому инквизитору только в конце 1309 г. комиссии, приступившие к своей работе 12 августа предыдущего года для заслушивания и оценки доводов в защиту тамплиеров, начали вызывать на свои совещания наиболее видных представителей Ордена, начиная с Жака де Моле. Вопреки принятому обычаю и действующим правилам на допросах было разрешено присутствие королевских чиновников. Однажды произошло прямое столкновение Жака де Моле, с одной стороны, и Гильома Ногаре и Гильома Плезиана, – с другой, которые предъявили Магистру, твердо отстаивавшему правоверные позиции Ордена, серию новых обвинений, в том числе и сговор с Саладином с целью нанесения поражения христианам. В течение всего этого времени все тамплиеры находились в королевских тюрьмах.
Весной 1310 г. некоторые члены Ордена, относившиеся к очень узкому кругу образованных людей (культура не могла и не должна была быть прерогативой монаха-рыцаря), решили организовать свою защиту и им было позволено встретиться вместе в Париже за пределами тюрьмы, под присмотром королевских стражников. Но сразу же возникли споры, касавшиеся числа адвокатов-защитников, которых Орден имел право представить. Из-за затягивания решения этого вопроса и откровенной позиции по срыву договоренностей, занятой архиепископом Санским Филиппом де Мариньи, ему удалось собрать провинциальный церковный собор, который и вынес окончательный приговор пятидесяти четырем представителям Ордена. Поводом для того, чтобы не ожидать, как условились, окончательных решений комиссий, созданных папой, послужил отказ тамплиеров от ранее сделанных ими признаний на допросах. Наказанием за такой проступок было сожжение на костре, и этот приговор был в точности приведен в исполнение 12 мая 1310 г.
Между тем Филипп Красивый приказал снова арестовать тех членов Ордена, которым он против своей воли был вынужден позволить организовать защиту. После этого исчезают все следы и самих тамплиеров, и их предприятия: по всей видимости, они потеряли всякую надежду на спасение, а сожжение их товарищей на костре стало еще одним средством устрашения, заставившим их отказаться от этой попытки.