История ордена тамплиеров, так и оставшаяся неопределенной в ходе постепенно затухавшей дискуссии между сторонниками их «невиновности» и «виновности» вплоть до эпохи Возрождения, вновь оказалась в центре внимания после того, как о ней заговорил известный ученый гуманист Генрих Корнелий Агриппа Неттесхеймский (1486-1535) в своем трактате De occulta philosophia («Об оккультной философии»). Как и большинство «магов» эпохи Возрождения, Агриппа путешествовал по всей Европе: он побывал в Кёльне, Париже, в Испании, Италии и даже в Бриндизи, чтобы заручиться поддержкой своего проекта, изначально утопического, возрождения общества и культуры на принципах герметизма. В другом своем сочинении De incertuudine et vanitate scientiarum («О ненадежности и тщетности наук») он изложил теорию, согласно которой естественная магия, в отличие от черной, или демонической, магии, в состоянии творить «невероятные чудеса, не столько благодаря искусству, сколько благодаря природе, которой это искусство подчиняется». «Добрые» маги, таким образом, являются «усердными исследователями природы», способными «предвосхитить» те результаты, которые природа сама создаст со временем. Среди примеров второго типа Агриппа в трактате De occulta philosophia называет «отвратительную ересь тамплиеров». И далее он добавляет, что «такого же рода должны были быть прегрешения, которые, как известно, совершают ведьмы в своем старческом безумии», и включает в этот перечень также богомилов, христианскую секту, распространившую свое влияние на Балканах начиная с XI века и стоявшую на позициях, близких к катарам. Но автор касается этой темы мимоходом. Агриппа не объясняет, почему он объединил вместе тамплиеров, ведьм и богомилов. Но трактат De occulta philosophia был самой читаемой и авторитетной из всех оккультных книг эпохи Возрождения. Таким образом, без появления каких-либо новых сведений, помимо тех, которые были обнародованы в ходе процесса, сложилось твердое убеждение, что тамплиеры занимались магией.
Несколько десятилетий спустя после опубликования работы Агриппы к делу тамплиеров обратился Жан Боден (1530-1596), французский политический мыслитель, который проанализировал отношения, складывавшиеся в различные исторические эпохи между законной политической властью и идеологически чуждыми ей меньшинствами, которые обязательно становились объектом преследования и диффамации. В ряду рассматриваемых примеров тамплиеры оказываются вместе с первыми христианами, гностиками и евреями. Боден считает, что невиновность ордена была неопровержимо доказана немецкими эрудитами и Жак де Моле, а с ним и все тамплиеры не могли не стать жертвами под градом обвинении, цинично выдвинутых против них с единственной целью создать предлог для конфискации всего имущества Ордена.