Упорные бои происходили на черновицком и могилев-подольском направлениях, где советские части также отступали под нажимом «превосходящего противника». Овладев к 5 июля Черновцами, румынские войска устремились к Хотину. Туда же, преодолев Карпаты, с востока двигался венгерский корпус. В ночь на 6 июля 18-я армия Смирнова начала отход на восточный берег Днестра в укрепленные районы. Генерал Свиридов написал об этих днях: «… вся моя военная служба проходила в основном под девизом: только наступать! Отход считался позором, и этому нас не учили. Теперь, когда довелось отступать, опыта-то никакого не было». Не успели войска армии занять Каменец-Подольский УР, как над ними вновь нависла угроза окружения. На правом фланге немецкие войска, тесня 12-ю армию Понеделина, перерезали железную дорогу на Проскуров. В тот же день венгерский корпус нащупал слабый стык между 12-й и 18-й армиями и ворвался в райцентр Оринин в 20 км севернее Каменец-Подольского.
В связи с ухудшением обстановки на Юго-Западном фронте и отходом его войск, генерал Тюленев 7 июля с разрешения Ставки приказал войскам правого крыла фронта отойти на рубеж Могилев-Подольский — Бельцы — река Прут и организовать на нем оборону. Но уже в этот день части 11-й германской армии форсировали Днестр в районе Могилев-Подольский и завладели городом.
В районе Кишинева в этот день германская 22-я пехотная дивизия вела наступление (!) против войск 2-го механизированного корпуса.
Тогда Тюленев решил создать ударную группу войск 9-й армии из тех же трех корпусов, которой поставил задачу уничтожить бельцевскую группировку противника. Одновременно он сформировал Приморскую группу из дивизий 14-го стрелкового корпуса и частей, расположенных на побережье Черного моря. Этой группе предписывалось прочно прикрывать восточный берег реки Прут, северный берег Дуная и морское побережье, не допуская высадки десантов противника.
В соответствии с приказом комфронта советские 48-й стрелковый, 2-й механизированный и 2-й кавкорпус в течение нескольких дней контратаковали немецкие войска. 10 июля они сильно потрепали части 198-й пехотной дивизии. Ударная группировка армии Шоберта в это время охватывала советские корпуса, стремясь отрезать им пути отхода на Рыбницу Этот маневр привел к отступлению соединений Малиновского и Новосельского на рубеж реки Реут.
Учитывая тяжелое положение на житомирско-киевском направлении, Ставка передала генералу Кирпоносу из состава Южного фронта 16-й мехкорпус и три стрелковые дивизии. В середине июля войска фронта с боями отходили за Днестр. Большую роль в этом сыграл выход 1-й танковой группы Клейста к Бердичеву и поворот ее на юг с выходом в глубокий тыл советских войск, а также низкая эффективность работы советской разведки, которая скорее искажала реальную обстановку, чем проясняла ее. Так, на 2 июля численность группировки противника в районе Стефанешти была ею определена в 9–10 дивизий, в том числе 5–6 танковых и моторизованных, хотя в действительности там находилось всего 5 пехотных дивизий и 5 бригад. Разведка предполагала наличие в этом районе 900–960 танков, тогда как в действительности их было 60. Эти сведения повлекли неправильные предположения о направлении возможного удара противника, а неправильная оценка его сил перед Южным фронтом в 40 пехотных и 13 танковых и моторизованных дивизий породила решение на отвод советских войск к Днестру. Могилев-Подольский УР удерживался с 8 по 19 июля. Затем и Днестровский оборонительный рубеж был оставлен.
18–20 июля Дунайская военная флотилия, передав свои батареи войскам 14-го корпуса, морем ушла в Одессу. Через три месяца ее расформировали.
Подведем некоторые итоги первого этапа летне-осенней кампании 1941 года. К исходу 9 июля сокрушительными ударами вермахт разгромил шесть армий Северо-Западного и Западного фронтов. Группа армий «Север» форсировала Западную Двину и заняла Псков, войска группы армий «Центр» вышли на линию Полоцк — Витебск — Орша — Жлобин, продвинувшись в глубь территории СССР на 400–600 км. На Юго-Западном фронте советские части с 1 июля начали отходить на линию старых укрепленных районов, но подвижные соединения танковой группы Клейста успели преодолеть эти укрепления до занятия их советскими частями. К 9 июля группа армий «Юг» на Украине, несмотря на подавляющее превосходство противника, продвинулась на 300–350 км. План «Барбаросса» развивался успешно.