Русские вновь посадили ханом Мухаммеда-Эмина. Девяносто татарских князей и мурз было казнено. Хан Али, его жена, мать — царица Фатима, сестры и братья Мелик-Тагир и Худай-Кул были отправлены в Россию. Хана Али с женой сослали в Вологду, туда же в 1490 г. сослали и крымского царевича Хайдара, сына Хаджи Гирея, только что выехавшего на службу в Россию. Царица Фатима, царевичи и царевны были сосланы в отдаленный городок Каргополь. Хан Али умер в Вологде, а Мелик-Тагир — в Каргополе в ссылке. Сыновьям Мелик-Тагира при крещении дали имена Василия и Федора. Федор Мелик-Тагирович в 1531 г. был наместником в Новгороде.
Худай-Кул, выросший в русском плену, впоследствии был доставлен в Москву и освобожден. В 1505 г. он крестился и получил имя царевича Петра Ибрагимовича, а затем женился на сестре великого князя Василия III Евдокии Ивановне. Умер Петр Ибрагимович в 1523 г. и был погребен в Москве в Архангельском соборе. У него осталось две дочери, обеих звали Анастасия. Старшая вышла замуж за князя Федора Михайловича Мстиславского, а младшая — за князя Василия Васильевича Шуйского. У Анастасии и Федора Мстиславских был сын Иван. Его дочь Анастасия Ивановна вышла замуж за бывшего касимовского хана Саин-Булата, после крещения получившего имя Симеона Бекбулатовича. Последний в 1574 г. был объявлен Иваном Грозным государем всея Руси.
Формально Казань осталась независимой. Но грамоты Мухаммеда-Эмина и Ивана III начинались так: «Великому князю Ивану Васильевичу всея Руси, брату моему, Магмет-Аминь царь челом бьет». Довольно забавная ситуация: казанский хан бьет челом великому князю московскому, а тот в свою очередь бьет челом крымскому хану.
Часто грамоты Ивана III к Мухаммеду-Эмину имели приказной тон. Так, например, муромские наместники однажды поймали казанского татарина, который ехал с товарами через Мордву, а Нижний Новгород и Муром объехал, чтобы не платить там пошлины. По этому поводу Иван III писал Мухаммеду-Эмину: «Ты бы в Казани и во всей своей земле заповедал всем своим людям, чтоб из Казани через Мордву и Серемису на Муром и Мещеру не ездил никто; а ездил бы из Казани все Волгою на Новгород-Нижний». Мухаммед-Эмин, желая жениться на дочери ногайского хана, испрашивал на то согласие великого князя. Наконец, на казанские волости была наложена какая-то подать, шедшая в московскую казну и собираемая московскими чиновниками. Так, Мухаммед-Эмин жаловался Ивану III, что какой-то Федор Киселев притесняет цивильских жителей, берет лишние пошлины.
В 1490 г. в союзе с русским и крымским правительством казанцы участвовали в войне против Сарайского ханства. В 1491 г. Мухаммед-Эмин присоединил к Казанскому царству территорию Большой Орды между Волгой и Яиком с городами Сарай-Бату и Сарай-Берке.
Промосковская политика Мухаммеда-Эмина не нравилась многим казанским феодалам. Юсуф вместе с князьями Ураком, Агишем и Садиром вступили в переговоры с сибирским ханом Ибаком (Айбеком) и попросили направить в Казань его сына Мамука (Мамыка). Весной 1496 г. царевич Мамук с большим войском вышел к Казани. Узнав об этом, Мухаммед-Эмин обратился за помощью к Ивану III. Из Нижнего Новгорода на судах прибыли русские войска под командованием князя Семена Рябловского. Когда о прибытии в Казань русского войска стало известно Мамуку, он применил следующую военную хитрость: демонстративно развернул свое войско и отправился обратно домой. Тайные сторонники Юсуфа постарались убедить хана Мухаммеда-Эмина в том, что опасность миновала, тот поверил и отпустил русские войска. Об этом тотчас сообщили Мамуку, и тот быстро, но скрытно подошел к Казани. Сторонники Юсуфа открыли ворота и впустили отряды Мамука в город. Мухаммед-Эмин с женами и несколькими князьями бежал в Москву.
Став ханом, Мамук резко повысил налоги с казанских купцов и ремесленников, не стал считаться с мнением тех князей, которые привели его к власти. У его покровителя эмира Юсуфа были свои виды на него — Юсуф хотел использовать Мамука и его войска для уничтожения военной опоры своего сводного брата Бураша. Поэтому он велел хану захватить Эчке-Казан (Внутреннюю Казань, Арский город в русских летописях).
На помощь Бурашу пришел князь Урак, и они вместе наголову разбили Мамука. Когда побитый хан вернулся, у стен Казани он увидел большое войско. Как сказано в «Своде булгарских летописей», казанцы сказали ему: «Нам не нужен хан, грабящий свой народ!», и прогнали его из ханства. Относительно дальнейшей судьбы Мамука существуют разные версии. По одной из них, будто бы Мамук направился в ногайские степи, а по другой — ушел к себе домой в Сибирь.