После воцарения на русском престоле Павла I барон фон дер Пален занял должность генерал-губернатора Курляндии и вновь проштрафился, невольно оказав в Риге пышный прием последнему фавориту Екатерины II – князю Платону Александровичу Зубову, высланному новым императором за границу. Объяснения, придуманные Паленом, Павла I не убедили, и барон был отправлен в отставку в тот же день. В сопроводительном приказе о наказании тогда говорилось следующее: «Господин генерал-лейтенант Пален. С удивлением осведомился я о всех подлостях, вами оказанных в проезде князя Зубова через Ригу; из сего я делаю сродное о свинстве вашем заключение, по коему и поведение мое против вас соразмерно будет. Павел». Однако все же через шесть месяцев император вернул Палену прежнюю должность и вновь приблизил к своему дворцу.
Пален очаровывает императора своей деловой хваткой, тонким остроумием и вскоре назначается петербургским генерал-губернатором. Он пользуется неограниченным доверием Павла I, возложившего теперь на своего любимца еще и должности директора почт и главы внешнеполитического ведомства. Выходца из рода рыцарей Тевтонского ордена Павел I вскоре жалует званием великого канцлера Мальтийского ордена. Одновременно с этим граф Пален становится кавалером высшего российского ордена – Андрея Первозванного.
Осыпанный императорскими благодеяниями граф прекрасно понимал, что при взбалмошном и весьма непостоянном характере императора он не мог быть спокоен за свою дальнейшую судьбу, ибо каждый день бывал свидетелем жутких сцен безрассудной царской опалы и наказания талантливых государственных деятелей и военачальников.
Эта ситуация заставила графа Палена скрытно заняться организацией заговора против императора с целью отречения своего благодетеля от престола. В каземате Петропавловской крепости тогда находился будущий легендарный герой Отечественной войны 1812 года донской войсковой атаман Матвей Иванович Платов, сподвижник А. В. Суворова и граф Российской империи, обвиненный в попытке отделить Донскую область от России. Не миновала несправедливая опала и легендарного отечественного адмирала Павла Васильевича Чичагова, заключенного в крепость по ложному доносу «о желании перейти в английскую службу». При его аресте Пален не удержался и заметил флотоводцу: «Мы теперь только это и видим, – сегодня вас, а завтра, может быть, и меня».
Нити столичного заговора против Павла I оказались в руках первоначальствующих лиц и столичного генерал-губернатора графа Палена, которому удалось создать соответствующую атмосферу в обществе.
На одном из собраний в бывшем доме генерал-полицмейстера Чичерина, где генерал-губернатор арендовал парадные покои у купца А. И. Перетца, граф Пален выступил с небольшой речью перед офицерами гвардии: «Господа! Государь приказал вам объявить, что он службою вашей чрезвычайно недоволен, что он ежедневно примечает ваше нерадение и леность, так что, ежели он и впредь будет замечать то же, то разошлет вас всех по таким местам, где и костей ваших не сыщут. Извольте ехать по домам и старайтесь вести себя лучше». Тогда элита русской гвардии, высшие офицеры, покинули квартиру генерал-губернатора в негодовании и возмущении.
В ночь на 12 марта 1801 года группа подвыпивших заговорщиков под предводительством Платона Зубова ворвалась в императорскую спальню Михайловского замка и на повышенных тонах предложила Павлу I отречься от императорской власти, при этом предъявив ему письменное согласие его сына Александра занять место родителя на царском троне. В завязавшейся потасовке заговорщики набросились на Павла толпой, и император «таким образом был задушен и задавлен, а многие из стоящих сзади очевидцев даже не знали в точности, что происходит», – так впоследствии свидетельствовал один из непосредственных заговорщиков.
Прибежавший на крик царского лакея поручик Полтарацкий с солдатами на верхней площадке Михайловского замка обнаружил генерал-губернатора Палена, спокойно объявившего им, что «государь скончался апоплексическим ударом. Теперь у нас новый император, Александр Павлович!».
Через несколько дней граф Пален в своих парадных покоях в доме купца 1-й гильдии А. И. Перетца устраивает пышный обед, на котором присутствуют первоначальствующие лица Петербурга и главные деятели государственного заговора (около 100 персон). Участники торжества единодушно отметили, «что обед прошел „оживленно и весело“».
Однако новый император Александр I не мог переносить присутствия в своем окружении людей, осведомленных о подробностях убийства его отца. 4 апреля 1801 года генерал-губернатор граф Пален был уволен «за болезнью от всех дел и обязанностей» и выслан из столицы в свое курляндское имение Эккау, где и жил безвыездно.