В начала декабря 1904 г. противник решил изменить тактику действий — сначала "выкурить" наших минер из подземелья, а затем по захваченным галереям атаковать гарнизон форта. Для этого японцы в потернах подожгли войлок и мешки, наполненные составом, дающим при сгорании удушливые газы. Затем, видя невысокую эффективность такого рода отравляющих веществ, они в дело пустили состав, содержащий мышьяк. В результате многие наши солдаты и офицеры отравились, потеряли сознание и были госпитализированы. Но форт не сдавался, борьба в галереях продолжалась.
Тогда японцы снова сделали ставку на минную атаку; Они вывели под бруствер две галереи, на концах которых было установлено 8 камер. Общая величина зарядов равнялась 140 пудам пороха. Спецкоманда неприятеля заминировала бруствер форта и подготовила его к уничтожению. С российской стороны требовались срочные контрмеры. Однако вырытые булевы колодцы командование форта никак не решалось зарядить и подорвать галереи неприятеля. В конце концов, генерал Горбатовский отдал приказ на проведение минной контратаки вечером 5 декабря. Но было уже поздно.
Противник опередил русских минер. 5 декабря в 13 часов 45 минут раздался оглушительный взрыв, от которого вздрогнул весь форт. В небо взметнулся огромный столб дыма, земли, обломков и др. Часовые, стоявшие на бруствере, также взлетели на воздух. Сразу после взрыва группа японцев в 40–50 человек в одноцветных одеждах бросилась в атаку, но была отбита ружейным и пулеметным огнем уцелевших бойцов.
Через несколько минут рядом раздался новый взрыв, и в небо поднялся еще один столб пыли и дыма в виде темной тучи. Снова японцы устремились к нашим позициям и в очередной раз успеха не имели. Более того, от третьего взрыва, который последовал сразу за вторым, погибла группа атакующих японцев, пораженная обломками, камнями и грудой земли, выброшенных силой взрыва. После того, как осели клубы пыли и дыма, оказалось, что почти весь напольный бруствер был разрушен на протяжении 10 сажень, в центральной части образовалась огромная воронка. Правая сторона форта пострадала гораздо меньше — бруствер лишь слегла осел.
Сначала в рядах защитников возникла паника, однако офицеры быстро восстановили порядок и отбили все атаки противника. Все же силы были неравны. Защитникам форта было нелегко. Тем не менее, дух русских войск был высок. Несмотря на то, что фронт обороны сужался, никто сдаваться не собирался. И только благодаря предательству генералов Стесселя и Фока Порт-Артур был сдан. За это впоследствии они были предан суду и приговорены к смертной казни через расстрел, замененной Николаем I110 годами каторжных работ.
Оборона Порт-Артура явилась ярким свидетельством героизма и стойкости русских войск. Это оценил противник, это признал русский народ. Однако она была и очень кровопролитной. Из 41 780 защитников Порт-Артура к концу декабря в строю осталось около 5 000 человек, готовых драться до конца. При этом потери японцев при осаде Порт-Артура во много раз превосходили наши. Так, безвозвратные потери русских войск с августа по декабрь 1904 г. составили убитыми 19 000 человек, в то время как японские — около 110 000 человек.
Среди других укреплений форт II пользовался специфической славой. Там мы, нанося японцам большой урон, сами теряли в один-два дня почти весь гарнизон, который затем снова пополнялся. Так, за 6–8 августа 1904 г. гарнизон форта из 350 защитников потерял 310 человек. Постоянно поступающее пополнение значительно редело при выдвижении к форту, а также после очередных наземных и подземных атак японцев. Ввиду ожесточенных боев, хоронить павших не всегда представлялось возможным. Поэтому к 20 октября в правом углу форта около кухни прямо на земле было сложено до 300 трупов офицеров и солдат, присыпанных землей и известью. Когда в них попадал снаряд, фрагменты тел разлетались по внутреннему дворику.
К 5 декабря гарнизон форта состоял из подразделений 25-го, 26-го, 28-го стрелковых полков, 7-го запасного батальона и насчитывал 200 человек. Ввиду яростных атак японцев, их комбинированных наземных и подземных действий ко второй половине дня у нас в строю осталось 20 человек. Эта горстка людей героически отбивала атаку за атакой врага. Обе попытки мичмана Витгефта пробиться в форт с подкреплением потерпели неудачу на подступах. Из 90 смельчаков до укрепления добралось не более десяти. Лишь в 22 часа 15 минут прапорщик Семенов с морским десантом численностью в 72 человека прорвался в форт. Но и они понесли большие потери при отражении очередной атаки японцев. Когда в 23 часа 15 минут был получен приказ об оставлении форта, гарнизон состоял из 21 человека.