Королевское ОКБ-1 весной 1958 г. проявило инициативу, выразив готовность взяться за проектирование двухступенчатой ракеты с дальностью до 3500-4500 км с применением первой ступени от Р-12, но это предложение не получило поддержки военных. Не были реализованы и представленные в первой половине 1960-х гг. варианты комплекса для РВСН с использованием ракет Р-27 морского комплекса Д-5 с дальностью 2500 км, разработанных в СКБ-385 главного конструктора Макеева.
Серийное производство Р-12 на заводе №586 началось еще в ноябре 1958 г. До конца года там собрали 24 ракеты.
В июле 1959 г. ОКБ и завод №586 за разработку Р-12 были награждены орденом Ленина. В связи с этим в Днепропетровск прибыл лично Н.С. Хрущев. Он непосредственно удостоверился в обоснованности сделанного им заявления , что на одном из заводов у нас стратегические ракеты «выходят как сосиски из автомата». М.К. Янгель, B.C. Будник и Л.В. Смирнов удостоились высокого звания Героя Социалистического труда.
В 1961 г. ракеты Р-12 впервые прошли в парадном строю по Красной площади. При этом западные военные атташе сразу почувствовали разницу между ними и очень похожими Р-5М, демонстрировавшимися с 1957 г. С началом изготовления Р-12 впервые в истории нашей страны годовой выпуск управляемых баллистических ракет стал составлять уже не десятки, а сотни изделий.
Невиданный объем производства определялся потребностью в массовом развертывании нового комплекса. Несмотря на смелые заявления Н.С. Хрущева, численность межконтинентальных комплексов вплоть до зимы 1961 – 1962 гг. ограничивалась всего шестью стартами громоздких Р-7. Европейские союзники США по НАТО и Япония оставались заложниками при сдерживании американцев от агрессии. Поэтому на западе СССР было развернуто около полутысячи пусковых установок Р-12 и еще несколько десятков – на востоке. Постановлением от 4 июля 1959 г. определялось создание в 1959-1963 гг. 528 стартов Р-12. Фактически общее число стартов Р-12 к середине 1960-х гг. составило, по различным данным, от 572 до 608 единиц. Этими ракетами было вооружено около 60 полков РВСН.
Помимо днепропетровского предприятия, к серийному производству Р-12 правительственным постановлением от 31 декабря 1957 г. привлекли также заводы №166 в Омске (в дальнейшем – ФГУА «ПО «Полет») и №172 в Перми (позднее – Пермский машиностроительный завод им. В.И. Ленина, ныне – АО «Мотовилихинские заводы»). Постановлением от 18 декабря 1958 г. №1369-665 «Об увеличении выпуска ракет Р-12», предписывалось изготовить в 1959- 1965 гг. 3350 Р-12, в том числе: 350 – в 1959 г., по 600 – за два последующих года и далее по 450 в год до конца семилетки.
В результате уже в 1959 г. при плане в 350 ракет собрали 395 Р-12, в том числе 235 в Днепропетровске. Для оплаты сверхплановых изделий потребовалось выделить почти 100 млн. руб. (около 10 млн. руб. в масштабе цен, принятых после реформы 1961 г.), что было оформлено распоряжением Совета Министров №3585рс от 22 декабря 1959 г.
К выпуску ракет постановлением от 19 сентября 1959г. №1097-470 «Об организации производства изделий Р-12 на заводе №47» подключили также и данное авиационное предприятие в г. Оренбурге (ныне – ФГУП «ПО «Стрела»).
Тем не менее реальный объем производства все-таки оказался в 1,5 раза меньше закрепленного правительственным постановлением 1959 г. Уже в 1961 г. годовой план снизили на 100 единиц, а в 1963 г. – вдвое по сравнению с показателями, заданными на соответствующий период постановлением 1958 г. Это определялось как осознанием того факта, что вряд ли удастся запустить более одной ракеты с каждой пусковой установки, так и тем, что основной задачей в последующие годы стало производство более совершенных изделий. Днепропетровский завод с конца 1950-х гг. постепенно переходил на изготовление Р-14 и Р-16, а в начале следующего десятилетия и омский завод загрузили выпуском межконтинентальных Р-16. В середине 1960-х гг. оренбургский завод приступил к производству МБР УР-100, а пермское предприятие переключилось на изготовление первой отечественной межконтинентальной твердотопливной ракеты РТ-2.
Всего до 1964 г. было выпущено около 2300 Р-12. Из 905 пусков этих ракет 97% прошло успешно.