ППД продолжали активно испояьзоваться как в войсках на фронте, так и в партизанских и диверсионных отрядах. Вот, например, отрывок из дневника комиссара разведывательнодиверсионного отряда лейтенанта госбезопасности В.Н. Бабакина: «6.Х1.41…На дороге Макарово-Высокиничи обнаружили большой обоз гужевой… Напали на две отстающие подводы. Кузьмичев бросил гранату на дорогу, убили лошадь и возницу, двое отстреливались. Выстрелом из ППД Кузьмин и Верченко убили еще двоих, в одну подводу бросили бутылки с горючим…». В справке о работе спецшколы Управления НКВД по г. Москве и Московской области за период с сентября 1941 г. по сентябрь 1942 г. указывалось: «В свете изменившихся задач, выполняемых партизанскими диверсионно-истребительными отрядами в тылу врага, изменился и табель их вооружения. На вооружении отрядов увеличено число пулеметов-пистолетов ППШ, ППД (от 3 до 8 штук на отряд)».
Советские пистолеты-пулеметы оценил и противник. Трофейные ППД обр. 1934/38 г. были приняты в вермахте в числе «оружия ограниченного стандарта» под обозначением МР.716(г), обр.1940 г. – МР.715(г), но более популярным оказался ППШ – МР.717(г).
В начальный период войны производство ППД восстановили, но не в Коврове, а в Ленинграде. На базе вывезенного в Ленинград оборудования Сестрорецкого инструментального завода им. С.П. Воскова развернули выпуск ППД-40, который велся практически вручную. В декабре 1941 г., когда город был уже окружен, к этой работе подключился электромеханический завод им. А.А. Кулакова №209: войскам, оборонявшим город, требовалось автоматическое оружие, а доставка его извне была затруднена. Делали ППД и на оставшейся в Ленинграде части производства эвакуированного артиллерийского завода №7.
На конец декабря 1941 г. все три завода выпустили 10813 штук ППД (по справке 5-го отдела Артиллерийского комитета Главного артиллерийского управления). Из них Ленинградский участок завода им.С.П. Воскова сдал к 25 декабря 4150 пистолетов-пулеметов. Согласно записке члена Военного совета Ленинградского фронта А.А. Жданова председателю ГКО И.В. Сталину от 7 января 1942 г., «…за шесть месяцев промышленность г. Ленинграда изготовила и сдала Красной Армии… 10600 автоматов ППД». Всего в 1941-1942 гг. ленинградцы в жесточайших условиях изготовили 42870 ППД-40, которые использовались в войсках Ленинградского и Карельского фронтов.