Дабы снискать поддержку Иннокентия III, Лев просил, чтобы армяно-григорианская церковь перешла под начало римской. Идея пришлась Иннокентию по душе, как и его предшественникам, ведь подобное распространило бы его власть еще шире. После помазания Балдуина Фландрского как католического императора Византии Иннокентий велел вершившему сие папскому легату Петру де Сен-Мартелю поспешить в Армению. Лев рассчитывал, что все пройдет гладко, но все-таки напрочь отказался выполнить одно условие Папы. Тамплиеры повиновались своему сюзерену-Папе во всем, и Иннокентий сообразил, что клин, вбитый между ним и тамплиерами, может сказаться на их верноподданнических чувствах. Посему главным его условием – подсказанным Боэмундом Антиохийским – было возвращение замка Баграс рыцарям-тамплиерам, каковое возвращение обсуждению не подлежало. Для Льва же Баграс оставался главной угрозой Антиохии, так что возвращать замок до перехода города под его правление Лев отказался, предпочитая обходиться лучше без Папы римского, нежели без спорного замка.
Мятеж части вассалов в Триполи вынудил князя Боэмунда отвести армию из Антиохии, что и вдохновило Льва напасть на город. Эмир Халеба аз-Захир, ненавидевший Льва сильнее, чем Боэмунда, отправил своих кавалеристов пресечь посягательства Льва на Антиохию. Тот, не желая вступать в открытую войну с превосходящим мусульманским войском, отступил в Армению.
Петр, католический патриарх Антиохии, поносил Боэмунда за вмешательство в планы Папы на Армению, и раздосадованный Боэмунд в конце концов сместил Петра, а на его место назначил грека – православного патриарха. Старейшины общины Антиохии единодушно его поддержали, ненавидя армян, не желая знаться с теми, кому эти горцы по душе, и не желая союза армян с Папой.
Однако в распоряжении патриарха Петра имелось духовное оружие, каковое он и не преминул пустить в ход, с полного одобрения Папы официально отлучив от церкви и Боэмунда, и всех членов общины. Пребывая в полной уверенности, что за отлученными вождями не последует ни один католик, Петр сколотил отряд из кучки верных ему рыцарей и двинулся на захват города силой. К его полнейшему изумлению, гарнизон антиохийской цитадели предпочел подчиниться собственному князю, а не патриарху, и быстро подавил мятеж.
Патриарха Петра взяли в плен, официально обвинили в измене Антиохии и нашли виновным, после чего бросили в темницу, где Боэмунд, по-видимому, намеревался заморить его до смерти. Напрочь лишенный еды и питья, Петр обезумел от голода и жажды и в отчаянии выпил из лампы все нечистое масло. В результате он скончался, корчась на холодном полу в мучительных конвульсиях.
Папа поручил уладить дело с армянами патриарху Иерусалимскому, но к тому времени оно превратилось в полнейшую дипломатическую сумятицу. Госпитальеры совершили набег на земли мусульманских союзников Боэмунда, спровоцировав ответный налет мусульман на Триполи. Лев опять же воспользовался беспорядком, чтобы предпринять собственную вылазку на территорию Антиохии. Боэмунд и сам усугубил неразбериху, договорившись с турками-сельджуками, напавшими на Армению с другой стороны. Он же начал грозить госпитальерам за нанесенный ему ущерб. Патриарх Иерусалимский Альберт старался изо всех сил хоть как-то распутать ситуацию, но при том взял сторону своих лучших друзей – храмовников – и твердил Льву, что тот просто-таки обязан вернуть замок Баграс ордену тамплиеров. Боэмунда же он убедил в качестве мирной инициативы сместить греческого патриарха, заменив его католическим. А Лев Армянский, отчаявшийся поладить с Папой римским, отказался от этой идеи, вместо того пойдя на альянс с греческим двором в изгнании, перебравшимся из Константинополя в Никею вместе с сохранившими верность полками Византийской армии.
Вражда Боэмунда с госпитальерами нанесла ему тяжкий удар. В 1213 году Раймунд, старший сын Боэмунда, навестил тамплиеров в Тортозе, и в соборе, куда он явился на богослужение, на Раймунда набросились несколько асасинов, заколовших его насмерть. Патриарх Иерусалимский обрушился с обвинениями в убийстве на госпитальеров. Вскоре его подозрения подтвердились: шайка асасинов убила и самого патриарха.
Боэмунд утратил сына, а тамплиеры лишились могущественного друга. Объединив силы, они предприняли карательную вылазку на твердыню асасинов Хавали. Тут уж шииты асасины воззвали к суннитскому эмиру Халеба. Эмир же – вероятно, не питая желания оказаться в первых строках черного списка асасинов – потребовал, чтобы Боэмунд пошел на попятную. Упомянутый эмир недавно уже спас Боэмунда от Льва, и Боэмунду было не с руки терять мусульманского союзника, так что Ьн отступил.