В ходе своей программы по завоеванию господства над восточными христианами Григорий свел дружбу с императором Византии Михаилом VII. Юный император откликнулся на предложение потому, что нуждался во всех соратниках, каких только мог заполучить. Он заявил свои права на трон, когда его тесть император Роман Диоген был ранен в сражении и взят в плен наводнившими страну турками-сельджуками. Когда он оправился от ран, турки отпустили его на свободу. Обнаружив, что его спасло вмешательство зятя Михаила, Роман попытался вернуться на трон, но на сей раз был пленен бывшими подданными, прибегшими к обычному для Византии (и Венеции) способу избавления от притязаний свергнутого властителя, не убивая его: Романа приговорили к ослеплению. Впрочем, выкалывая ему глаза, палачи так переусердствовали, что спустя несколько дней Роман скончался. Впавшие в ярость его друзья и родственники тотчас же образовали клику противников юного Михаила VII, куда вошел и род Комненов – предыдущая династия правителей Византии.
В то же самое время Восточная империя лишилась своих последних владений в Италии, захваченных норманнами под предводительством Робера Жискарда – видимо, по наущению своего герцога, всего семью годами ранее завоевавшего всю Англию. В 1073 году турки ворвались в Малую Азию, потеснив границы Византии в тот же год, когда Жискард со своими норманнами захватил Сицилию. Папа Григорий поощрял норманнов в Италии, потому что завоеванные ими земли тотчас же отрекались от православия в пользу римской церкви.
Лишившись территорий на востоке и западе, Михаил VII в попытке выровнять положение прибег к дипломатии, предложив обручить малолетнюю дочь Робера Жискарда со своим младенцем сыном – наследником империи. Папа Григорий с энтузиазмом поддержал предложенный союз, делавший византийской императрицей римскую католичку.
Между тем выяснилось, что Михаил VII совершенно не способен сдержать распад Восточной империи, и в 1078 году поднял мятеж губернатор провинции по имени Никифор. Михаил даже не попытался дать ему отпор, просто-напросто удалившись в монастырь, ради чего покинул собственную жену. Будучи дамой сугубо практичной, да при том одной из первых красавиц страны, она предложила руку новому императору, каковой предложение принял. Разъяренный таким оборотом дел Папа Григорий преподнес молодоженам свадебный подарок в виде декреталий об отлучении. Не прошло и полгода, как вспыхнул новый мятеж, на сей раз поднятый византийским полководцем, заключившим сделку с турецким султаном Сулейманом. Взять Константинополь полководец не сумел, но уговор позволил Сулейману дойти до самой Вифании и взять священный город христиан Никея, сделав его своей новой столицей, удаленной от Константинополя менее чем на полторы сотни километров.
Как только события неудержимо повлекли Византию к закату, между императором Никифором и кликой Комненов вспыхнула отчаянная ссора. В конце концов, старинная царская династия перешла к действиям, объявив о смещении Никифора с престола и провозгласив новым императором Алексея Комнена. Его Папа Григорий тоже отлучил без проволочек. Между тем дома у Григория имелись и свои проблемы. Его не удовлетворял миропорядок, при котором германский император Священной Римской империи безраздельно властвовал в тленном мире, оставив на долю Папы лишь царство духовное. Уж конечно верховодить должен только Папа, уполномоченный на то самим Господом, остальным же смертным надлежит занимать подобающие нижестоящие места. Одной из преград на его пути к верховной власти был светский обычай «инвеституры» – право королей, князей и прочей знати назначать епископов и аббатов, распоряжавшихся большими епархиями в их владениях, повсеместно занимавшими от 20 до 40 процентов территорий. Естественно, назначенные хранили верность законным правителям, облагодетельствовавшим клириков этими бенефициями, хотя в те времена «облагодетельствовать» зачастую означало «продать», поскольку религиозные назначения стали для местных властителей важным источником доходов.
Григорий постановил для себя прекратить распродажу бенефиций – практику, нареченную «симонией» в честь Симона Мага, согласно летописям, первым купившего духовный пост. Папа решил, что отныне и впредь все назначения будут осуществляться папским престолом, а не какими-то там мирянами, пусть даже весьма высокопоставленными, что наносило весьма серьезный удар светским властителям, поскольку осчастливленный церковник должен был хранить верность не своему мирскому господину, а одному лишь Папе. Новые декреталии Папа представил миру на епископском Соборе в 1074 году. Очередные притязания Папы на власть и вытекающее из них сокращение доходов потрясло земную власть предержащих. В 1075 году Григория схватили в алтаре базилики Санта Мариа Маджоре и силком увезли в некий пригородный дом, где он подвергался избиению и надругательствам, пока на следующее утро ему на выручку не пришли простые римляне.