В этом отношении связь Союза с АЕПР играет крайне важную роль, поскольку растущая самостоятельность еврорегионов создаёт условия для расширения прав этноменьшинств, проживающих по обе стороны границы, а требование достижения единства этноса, в свою очередь, оправдывает необходимость стирания границ между приграничными регионами.
Соответствующие документы, призванные ввести принцип широкой защиты прав меньшинств в общеевропейскую политику, были разработаны в недрах ФСЭМ ещё в 1960-е гг., но к реализации в жизнь этих программ приступили в начале 1980-х гг., одновременно с воплощением проекта регионализации. Осуществить это было поручено премьер-министру Баварии Альфонсу Гоппелю, выступившему в 1984 г. с инициативой создания всеобъемлющего кодекса в защиту прав меньшинств и предложившему для этого целую серию мер. Однако тогда эта программа не прошла, так как выглядела слишком новаторской. Вторая попытка была предпринята в 1990 г. графом фон Штауффенбергом, работавшим также в тесном контакте с ФСЭМ и представившим на его очередном конгрессе в Мюнхене новую, слегка изменённую программу. Но и на этот раз она не была принята в силу того, что многие европейские парламентарии были обеспокоены теми серьёзными изменениями, которые программа требовала внести во внутреннюю жизнь их государств. Наконец, программа была предложена вновь уже в 1993 г. немцем Зигбертом Альбером, который для облегчения её прохождения в европейских инстанциях разделил её на четыре проекта, два из которых были приняты к обсуждению.
Эти два важнейших документа — «Хартия региональных языков и языков меньшинств» СЕ 1992 г. и «Рамочная конвенция о защите национальных меньшинств» СЕ 1994 г. — и заложили правовую основу для строительства «нового этнического порядка» по-германски.
Оба документа совместно создают условия для осуществления этнической федерализации, поскольку обязывают государства не только способствовать поддержке меньшинствами своей самобытности, но и разрешать использование региональных языков во всех сферах деятельности — в образовании, управлении, юридической, административной, социально-экономической, а также в сфере финансового и банковского регламентирования. Не случайно член юридической комиссии ФСЭМ Г. Коон ещё в 1988 г. сделал следующее заключение: «Защита, разработка и продвижение региональных языков и языков меньшинств являются центральным вопросом политики в Европе и для Европы».
ФСЭМ объединяет представителей различных этносов — как крупных, обладающих своей государственностью, но проживающих в качестве меньшинств на другой территории, так и крайне малочисленных, таковой никогда не имевших. Так, членами Союза являются организации немцев Венгрии, Богемии, Грузии, Казахстана, Узбекистана, венгров Словакии и Румынии, хорватов Воеводины и Словакии, поляков Чехии, чехов Словакии, французских бретонцев, фризов Нидерландов, эльзасцев и лотарингцев Франции, македонцев Греции, финнов Швеции, ингушей и кабардинцев России, крымских татар, венгров Украины, косовских албанцев и др. Входят в него и отдельные регионы — автономная провинция Бозен, автономный регион Трентино - Южный Тироль, земля Шлезвиг-Гольштиния, германоговорящее сообщество Бельгии и земля Каринтия.
Задача союза — унифицировать и интернационализировать требования совершенно разных по положению этнических сообществ. Последние должны отстаивать идентичные положения, при этом всячески подчёркивая своё право на инаковость и различия. При этом совершенно игнорируется тот факт, что некоторые меньшинства совершенно не готовы ни к какой форме автономии, а это раскрывает заказной характер этой деятельности.
Осуществляется данный процесс посредством выдвижения соответствующих требований, изложенных в ежегодно принимаемых резолюциях ФСЭМ, направляемых затем для рассмотрения в инстанции ЕС. Со временем требования становятся всё более настойчивыми и решительными, и в настоящее время Союз добивается, чтобы при решении проблем тех этнических меньшинств, которые не имеют государственности, СЕ опирался на признание не прав индивида, а коллективных прав меньшинств и сообществ: «Мы просим, чтобы права индивидов были заменены коллективным правом». Таким образом национальные меньшинства ставят в исключительное, привилегированное положение.