Первой работой, ставшей программной для всей его короткой, но исключительно интенсивной исследовательской жизни, было «Исследование языков с точки зрения сравнительного языкознания» (1848). В её первой части («О зетатизме») рассматривается воздействие j
на согласные (в 13 разных языках: родственных – греческом, древнеперсидском, латинском, готском, литовском и др. и неродственных – манчжурском, китайском, венгерском, тибетском и др.), а во второй части («Языки Европы») дано обозначение древних и новых языков Европы и их распространения по другим континентам с точки зрения организации их грамматического строя. Накопив знания по славянским («Морфология церковно-славянского языка», 1856–1857) и балтийским языкам («Руководство по изучении литовского языка»), в 1861–1862 гг. он публикует свое главное произведение «Компендиум сравнительной грамматики индоевропейских языков», которое за 15 лет выдержало четыре издания (4-е вышло в 1877 г.). Книга содержала оригинальное описание всей совокупности индоевропейских языков и вызвала «целый переворот в языкознании» [Томсен 1938: 81]. Затем была издана «Хрестоматия индоевропейских языков» (1868) с краткими описаниями всех языков, рассмотренных в «Компендиуме». Всё внимание Шлейхера как исследователя было направлено на сравнение языков с целью реконструкции исходного источника – праформы и праязыка. Процедура сравнения и углубления в историю была отточена до мельчайших деталей как в фонетике (ею мало занимались Бопп и другие старшие индоевропеисты), так и в морфологии. Например, сравнив название пашни в четырёх языках, Шлейхер допускает праформу *agras. Поиск «пра-» (первоначальной системы индоевропейских гласных, первоначальной системы согласных, первоначального вида корня, первоначального значения «первобытных» корней и, наконец, первоначального праязыка как коммуникативной системы) так захватил Шлейхера, отточили изощрил его исследовательский метод, что сделался образцом при изучении родственных языков и их истории. Конструируемый таким методом праязык для самого Шлейхера казался такой реальностью, хотя и предполагаемой, гипотетической, что он даже не отказал себе в удовольствии сочинить небольшую басенку на индоевропейском праязыке (см.: [Звегинцев 1964: 110]).Методологической основой праязыковых увлечений и других общелингвистических взглядов Шлейхера явилось понимание языка как природного, почти биологического организма. Увлекшись ещё в студенческие годы естествознанием (он родился в семье берлинского врача), Шлейхер переносит в науку о языке и терминологию естествознания (грамматический термин морфология
введён им вместо прежнего этимология), но – что ещё существеннее – и… ошибочные истолкования строения и жизни языка, будто бы сходного с жизнью и функционированием живого организма.Восприятие языка как живого организма у Шлейхера ещё более усиливается и расширяется, переносится на новые предметы анализа после знакомства с книгой Ч. Дарвина «Происхождение видов». Одну за другой Шлейхер пишет книги «Теория Дарвина и наука о языке» (1863) и «Значение языка для естественной истории человека» (1865). Сравнив язык с естественным организмом, он старается найти в языке и его развитии подтверждение этому. «Природная» концепция языка дополняется у Шлейхера некритическим восприятием философской триады Гегеля (тезиса, антитезиса и синтеза), якобы свойственной всеобщему духу и, в частности, духу языка.