В июне 1978 г. в результате слияния восьми афганских эмигрантских групп (так называемых «ревностных мусульман») был создан «Национальный фронт спасения Афганистана» во главе с Себгатуллой Моджадеди. Как и многие другие группировки моджахедов, Фронт объявил своей целью провозглашение на территории Афганистана исламской республики. Лидеры «Национального фронта спасения Афганистана» выступали за объединение всех афганских моджахедов в борьбе против «афганских коммунистов и советских войск». В этом стремлении Моджадеди и его сторонники готовы были идти достаточно далеко – вплоть до союза с монархистами, не желая, однако, вступать в контакт с маоистами и исламскими экстремистами типа Хекматиара. Боевые отряды Фронта насчитывали до 6 тыс. бойцов, а всего на территории Афганистана «Национальный фронт» поддерживали до 10 тыс. человек. Помощь группировка получала от Саудовской Аравии, США, Пакистана и организации «Братья-мусульмане». Штаб-квартира Фронта располагалась в Пешаваре.
В 1978 г. видный афганский религиозный деятель, духовный лидер суфистского меньшинства, Саид Ахмед Гилани создал «Национальный исламский фронт Афганистана» (НИФА), который выступил за реставрацию в стране монархии. Группировка Гилани по сравнению со многими другими антиправительственными организациями выглядела весьма умеренной и не поддерживала их исламского фанатизма. Организация Гилани пользовалась большим влиянием, особенно в провинциях Кабул и Нангархар. Всего в НИФА насчитывалось до 15 тыс. сторонников, под ружьем имелось до 8 тыс. бойцов. Руководство фронта тесно связано с западными странами. Штаб-квартира «Национального исламского фронта» находилась в Пешаваре, имелось представительство в Иране.
В 1980–1981 гг. был создан «Исламский союз освобождения Афганистана» (ИСОА,
Кроме антиправительственных организаций, объединявших суннитов, в Афганистане воевали и шиитские группировки, получавшие помощь в основном от Ирана. В 1980 г. была сформирована проиранская шиитская организация «Наср» («Победа») во главе с шейхом Мазари. До 4 тыс. бойцов «Насра», отличавшихся хорошей военной подготовкой и хорошо оснащенных оружием и боеприпасами, действовали в центральных провинциях Афганистана, в районе Хазараджата. Боевики «Насра» постоянно находились в состоянии конфликта с соперничающими группировками моджахедов – особенно с пропакистанскими. Пользовались иранской и китайской поддержкой, получали помощь и от американцев. Штаб-квартира организации находилась в Куме. В 1988 г. Абдул Али Мазари объединил несколько шиитских группировок в «Партии исламского единства Афганистана» (
В Хазараджате (Центральный Афганистан) сражались (порой даже не столько с правительственными силами, сколько с моджахедами из конкурирующих группировок) шиитские боевики «Совета единства» (