В особой конспиративной квартире действовал народовольческий паспортный стол, имевший сотни калькированных и резиновых копий возможных печатей, форм паспортов, различных бланков. В партии были созданы группы эвакуации, прикрытия, боевые, безопасности, сбора пожертвований от общества, интеллигенции, мониторинга общественного мнения, пропаганды и агитации сотрудничества с газетами и журналами, с литераторами и журналистами. Для членов Исполнительного Комитета были определены способы экстренной связи – появляться в определенный день недели в определенное время в определенном месте, например, по вторникам в одиннадцать часов дня на мосту через Мойку на Невском проспекте. Александр Михайлов постоянно проводил учебу народовольцев по уходу от слежки «пауков» и «подошв», как революционеры называли агентов наружного наблюдения полиции, филеров, осуществлял контрнаблюдение за жандармами. Все нелегальные сдавали ему экзамен по знанию сотен проходных петербургских дворов. Он обучал народовольцев и контролировал соблюдение условий конспирации. Уже осенью 1879 года народоволец, заметивший слежку, часто случайную, садился на извозчика, потом на конку, потом опять на извозчика, выскакивал у дома 37 на Невском, через проходной двор пробегал на Фонтанку, несся по набережной до дома 50, влетал в проходной двор и исчезал на другой улице. Многие народовольцы, чьи лица запоминали агенты охраны на маршрутах царя, благодаря знанию выясненных Михайловым проходных дворов, так уходили от профилактической слежки.
Александр Михайлов, Александр Оболешев, Александр Квятковский потом и кровью писали революционную науку конспирации. Они часто для контроля следили за народовольцами и очень радовались, если их обнаруживали. Они лично находили конспиративные квартиры, всегда с толстыми звукоизоляционными стенами и двумя выходами, спасавшими революционеров при захвате. Именно через черный вход ушли задержанные Морозов и Любатович, напоив находившихся в квартире городовых до изумления и не попавшись наружной охране у парадного входа. Окна конспиративных квартир всегда должны были быть видны с противоположной стороны улицы, и на них находились знаки безопасности, для которых использовались шторы, форточки, цветы и игрушки на подоконниках, находившиеся в разное время дня и даже дни недели в разном положении. Александр Михайлов научил товарищей одним взглядом замечать знакомые лица в толпе, оглядываться не оглядываясь, исчезать среди белого дня на глазах у прохожих. Он часто инспектировал местные группы «Народной воли», разрабатывал и контролировал реализацию многих актов революционеров. За точность, аккуратность, обеспечение безопасности партии, народовольцы называли его «Дворником».
В начале 1879 года к Михайлову обратился через многих знакомых Николай Васильевич Клеточников, тридцатилетний дворянин из Симферополя, решивший стать революционером. С помощью элегантной комбинации и проигранных им знатной хозяйке квартиры нескольких сот рублей Клеточников попал на работу в Третье отделение – хозяйка, рекомендовавшая его туда, не хотела терять карточный выигрыш, а жилец хотел съехать из-за того, что не мог найти в Петербурге работу. Писчик, а затем помощник делопроизводителя попал в Третью экспедицию, занимавшуюся секретной агентурой, получил ключи от особого архива и хранил самые секретные агентурные бумаги. Вскоре коллежский регистратор Клеточников знал о политическом имперском сыске почти все и два года прикрывал «Народную волю» от атак Третьего отделения, называл провокаторов в рабочих, студенческих и народнических кружках, спас многих революционеров, в том числе Степана Халтурина в декабре 1879 года. Из своего ежемесячного жалованья в восемьдесят рублей Клеточников половину отдавал на партийные нужды. С ним встречались только Михайлов, Баранников, Желябов и Корба, в квартире, где постоянно жила секретная народоволка, изображавшая барышню Клеточникова. Солидный тридцатилетний человек с университетским образованием, прекрасным почерком, без вредных привычек и связей в Петербурге несколько раз получал повышение в Третьем отделении. Все члены Исполнительного Комитета называли Клеточникова героем. Когда в январе 1880 года жандармы пришли со случайным обыском в Вольную типографию «Народной воли» в Саперном переулке, народовольцы отстреливались столько, сколько было нужно для того, чтобы сжечь хранившиеся там донесения Клеточникова и размешать пепел в тазу с водой. Листовки и прокламации партии два года тысячами экземпляров публиковали донесения Клеточникова: «Исполнительный Комитет извещает, что Петр Иванович Рачковский состоит на жалованье в Третьем отделении. Его приметы: рост высокий, телосложение довольно плотное, волосы и глаза черные, кожа на лице белая с румянцем, черты крупные, нос довольно толстый и длинный. На вид лет двадцать восемь. Усы густые черные. Бороду и баки бреет. Исполнительный Комитет просит остерегаться шпиона».