Каракозов назвался крестьянином Алексеем Петровым. Пытки в империи давно были официально запрещены, но закованного в кандалы стрелка допрашивали днем и ночью, не давая спать. Каракозов молчал, но в его бумагах нашли адрес Ишутина. Тут же установили его личность, в Москве задержали всех членов «Организации» и «Ада». Ишутина привезли в Петербург и стали выяснять всех его сообщников по кружку. Каракозову туманно пообещали оставить жизнь, и он стал давать показания. По имперской столице ходили слухи, что его поили наркотическими отварами. Жандармов совершенно не устраивало, что Каракозов действовал один, и они собрали огромное дело о всех знакомых его и Ишутина, даже по бесплатной школе, переплетной, швейной и ватной мастерским. Суд приговорил двух студентов к смертной казни. Каракозова повесили, а на Ишутина накинули петлю на шею, и перед тем, как выбить из под ног скамейку, объявили о замене смертной казни пожизненной каторгой. Когда Ишутина свели с эшафота, он уже сошел с ума. В обществе тут же узнали об обстоятельствах казни и об обещании жандармов сохранить жизнь Каракозову за показания. Через несколько дней столица империи читала разбросанные по улицам революционные листовки: «Кровавая революция должна изменить все основы современного общества и погубить сторонников нынешнего порядка. Может случиться, что все дело кончится истреблением императорской фамилии, то есть какой-нибудь сотни-другой людей». Массовые аресты весны 1866 года лондонец-эмигрант Александр Герцен назвал белым террором.
Александр Герцен
«Современник» и все другие оппозиционные издания были закрыты, и в Петербурге началось быстрое создание революционного подполья. Некрасов писал: «Рать поднимается неисчислимая, сила в ней скажется несокрушимая». Эмигрант Михаил Бакунин призывал к анархии, отрицанию государства и немедленному бунту, сбежавший из ссылки в Европу Петр Лавров готовил пропагандистов революционных идей для подданных, радикал Петр Ткачев призывал заговор для свержения «висящего в воздухе самодержавия». В России власти не постеснялись опубликовать приговор арестованному в каракозовском угаре полковнику П. Лаврову: «Признать виновным в сочинении четырех преступных стихотворений, в хранении этих стихотворений и разных статей преступного характера и в намерении проводить вредные идеи в печать». Совершивший головокружительный побег из Сибири в Европу через Азию М. Бакунин выступал на массовых лондонских митингах: «Не иметь свободы – не иметь человеческого облика. Будем разрушать, сколько можем. Осуществление свободы в равенстве это и есть справедливость».
Петр Лавров
Просидевший, как и Бакунин, шесть лет в казематах Петропавловской крепости Ткачев бежал из ссылки в Швейцарию, где призывал в своем журнале «Набат»: «Революционер не подготавливает, а делает революцию. Делайте же ее скорее! Единственная продуктивная форма политической борьбы в России – террор!» Все вместе они требовали от всех Романовых ответа за захват власти, которой они не воспользовались для блага русского народа и которую обратили в самое удушающее ярмо для подданных. Эмигранты-бунтари заявили, что Романовы сами никогда не откажутся от неограниченного самодержавия.
В 1868 году из коммуны студентов Медико-хирургической академии Петербурга вырос знаменитый кружок Марка Натансона и Николая Чайковского. Они создавали студенческие, гимназические, рабочие группы, переводили на русский язык работы западных социалистов, создавали группу шифровального дела, группу помощи товарищам в тюрьмах и ссылках, проповедовали личную аскезу. Чайковцы объявили свой девиз: «Чистое дело – чистыми руками!» Отделения кружка появились в Москве, Саратове, Киеве, Ветке, Орле, Харькове, Одессе. Чайковцы создали подпольную типографию, из которой ддя народа рассылали особые сказки в сорок российских губерний. Они издали и распространили тысячи экземпляров книг Чернышевского, Лаврова, Дарвина, Вольтера, Маркса. Третье отделение внедрило в кружок провокатора, который докладывал в здание у Цепного моста: «Чайковцы абсолютно доверяют друг другу. Между ними нет ни старших, ни младших, все преследуют одну цель».
Натансона и Чайковского арестовали, судили и отправили в Сибирь. Пропагандистка Софья Перовская, ушедшая из дома в народ семнадцатилетняя дочь петербургского губернатора, стала создавать рабочие кружки на Выборской стороне, Васильевском острове, за Нарвской заставой. Она и ее соратники переодевались крестьянами и ночи рассказывали рабочим о социализме. Они хотели, чтобы бывшие крестьяне распространяли их идеи в родных деревнях. Третье отделение поначалу за ними не уследило, потому что яростно занималось «Обществом топора», которого не было. Был учитель Сергей Нечаев, в день праздника по поводу восшествия на престол Александра II, заваливший Петербург листовками: «Кого надо убить из царствующего дома? Всех!»