Организационный принцип «Мусульманских братств» — разветвленная система групп: «Джамаат исламийя» («исламские ассоциации») и «Усар исламийя» («исламские семьи»). «Джамаат исламийя» состоит из 20 человек во главе с амиром (глава группы, организатор деятельности). Персональный состав группы известен только ему. Амиру нижестоящей группы знает только непосредственно работающего с ним руководителя. Амир информирует руководителя о функциональном и количественном составе группы, ничего не сообщая о персональном составе. В фундаменталистских организациях практикуется трехступенчатое членство: 1) аль-индымам аль-ам — простое вступление, такой член организации называется «помогающим» («ах-мусаид»); 2) аль-индымам аль-ахавит — вступление в братство, при этом боевик получает статус «присоединившегося» («ах-мунтасиб»); 3) аль-индымам аль-амалий — «действующий» член («ах-амиль»). Боевики 1-й и 2-й категорий составляют основную массу рядовых членов и непосредственных руководителей. Доказав преданность делу, боевик может войти в число «ах-амиль», наиболее выдающиеся становятся «ах-муджахид» («брат, борющийся за правое дело») и допускаются к секретам организации. Подготовка боевиков осуществляется в специальных лагерях по этапам. На первом этапе преподается топография, медицина, автовождение, основы безопасности. Второй этап включает изучение оружия, обучение организации нападений. Третий этап — практическая проверка. Помимо формального главы организации, существует институт духовных наставников, фетвы (наставления) которых служат побудительным мотивом к совершению акций. У умеренных фундаменталистских групп нет такого организационного дуализма. Но вооруженные формирования, созданные при них, имеют тенденцию к отделению («секретный аппарат» при Египетском «Мусульманском братстве», «боевой авангард» при «Мусульманском братстве» Сирии) или полностью обособляются (Аль-Джихад аль-Исламийя при ливанском «Амаль»). Экстремистские организации состоят на 50 % из студентов, 15 % — рабочие и ремесленники, 15 % — врачи, служащие, учителя, 7 % — торговцы, 13 % — военные, крестьяне и безработные. Средства на ведение деятельности получают как самофинансированием, так и пожертвованиями богатых сторонников. Отделения движения находятся в Саудовской Аравии, Кувейте, Судане, Сирии, ФРГ, Великобритании, Швейцарии, Франции, США, Катаре, Иордании, Бахрейне, ОАЭ. Организации четырех последних стран наиболее радикальны. Во главе БМ стоит Учредительный комитет из 28 человек.