Лавирование между командующими нелегко давалось начальнику штаба 1-й армии. «Когда гибнет всё, — увещевал Алексей Петрович Багратиона, — когда Отечеству грозит не только срам, но и величайшая опасность, там нет ни боязни частной, ни выгод личных. Принесите ваше самолюбие в жертву погибающему Отечеству нашему, уступите другому и ожидайте, пока не назначат человека, какого требуют обстоятельства».
Сам Ермолов пассивно ждать назначения единого главнокомандующего не желал и просил царя о решении этого вопроса, послав ему с 16 июля по 10 августа четыре письма, в которых взывал: «Необходим начальник обеих армий. Нужно единоначалие!»
Касаясь положения в армии, он указывал на вредное влияние на войска непрерывного отступления: «Отступление, долгое время продолжающееся, тяжёлые марши возбуждают ропот в людях, теряется доверие к начальнику. Солдат, сражаясь как лев, всегда уверен, что употребляет напрасные усилия и что ему надобно будет отступать».
За три недели до оставления старой русской столицы Ермолов предвидел такую возможность и убеждал царя: «Москва не далека, драться надобно! Россиянин каждый умереть умеет!.. Если никто уже в случае поражения армии не приспеет к защите Москвы, с падением столицы не разрушаются все государственные способы. Не всё Москва в себе заключает! Есть средства неисчерпаемые, есть способы всё обратить на гибель врагов Отечества нашего, завиствующих могуществу и славе нашего народа».
На Бородинском поле Алексей Петрович фактически выполнял обязанности начальника штаба главнокомандующего. В один из моментов сражения Кутузов послал его на левый фланг русской армии, чтобы заменить раненого Багратиона. Но, проезжая мимо Курганной высоты, Ермолов увидел, что она взята французами и центр русской позиции вот-вот рухнет. Собрав отступавших, Алексей Петрович повёл их в штыковую атаку. О её результате Барклай де Толли докладывал Кутузову следующее: «Начальник главного штаба генерал-майор Ермолов с свойственною ему решительностью, взяв один только 3-й батальон Уфимского полка, остановил бегущих и толпою в образе колонны ударил в штыки. Неприятель защищался жестоко: батареи его делали страшное опустошение, но ничто не устояло. 3-й батальон Уфимского полка и 18-й егерский полк бросились прямо на батарею, 19-й и 40-й егерские — по левую сторону оной, и в четверть часа наказана дерзость неприятеля. Батарея во власти нашей, вся высота и поле оной покрыты телами… Бригадный генерал Бонами был один из снискавших пощаду, а неприятель преследован был гораздо далее батареи. Генерал-майор Ермолов удержал оную с малыми силами до прибытия 24-й дивизии, которой я велел сменить расстроенную неприятельской атакой 26-ю дивизию».
По словам одного из участников сражения, «это была скорее бойня, нежели бой, дрались только холодным оружием». Блестящая атака Курганной высоты вернула русским этот важнейший пункт, дала возможность восстановить положение в центре и выиграть время для подхода подкреплений как к Курганной высоте, так и к Семёновским флешам. Военный деятель Н. Н. Муравьёв-Карсский говорил, что «сим подвигом Ермолов спас всю армию».
Барклай де Толли просил главнокомандующего удостоить Алексея Петровича ордена Святого Георгия 2-го класса. Но эта награда была пожалована самому командующему 1-й армией, поэтому Ермолов получил лишь знаки Святой Анны I степени.
В последние дни Отечественной войны Алексей Петрович был назначен начальником артиллерии русской армии. В заграничном походе 1813 года он прославился в сражении под Кульмом. После ранения А. И. Остермана-Толстого, командовавшего отдельным корпусом, Ермолов заменил его и одержал блестящую победу, которая решила исход всей кампании. За это сражение Остерман-Толстой был награждён орденом Святого Георгия 2-го класса, что считал не совсем справедливым и говорил:
— Этот орден должен был принадлежать не мне, а Ермолову, который принимал важное участие в битве и окончил её с такою славой.
При вступлении в Париж царь остался недоволен выправкой солдат одного из полков и приказал посадить трёх штаб-офицеров на гауптвахту, занятую в тот день англичанами. Это возмутило Ермолова, который говорил, что если офицеры заслужили наказание, то их приличнее арестовать в собственных казармах, а не срамить в глазах чужеземцев.
— Таким образом, — говорил он, — нельзя приобрести любви и расположения войск.
Недовольный Александр повторил приказ. Ермолов ослушался и уехал в театр; встретив там великого князя Николая Павловича, сказал ему:
— Я имел несчастье подвергнуться гневу его величества. Государь властен посадить нас в крепость, сослать в Сибирь, но он не должен ронять храбрую армию в глазах чужестранцев. Гренадеры прибыли сюда не для парадов, но для спасения Отечества и Европы.
Царю, конечно, доложили об упрямстве Ермолова, и он отступил: приказал держать арестованных офицеров в трёх комнатах Елисейского дворца, своей временной резиденции.