Не имея связей в высших кругах, по службе Михаил Богданович продвигался медленно: только в 1799 году получил первый генеральский чин. Тем не менее фельдмаршал Н. В. Репнин говорил о нём:
— Меня уже не будет на свете, но пусть вспомянут мои слова: этот генерал много обещает и далеко пойдёт.
Под Прейсиш-Эйлау (1807), командуя арьергардом русской армии, Барклай де Толли задержал главные силы французов во главе с Наполеоном, о чём доносил: «Во всяком другом случае я бы заблаговременно ретировался, дабы при таком неравенстве в силах не терять весь деташемент (отряд) мой без пользы, но через офицеров, которых посылал я в главную квартиру, осведомился я, что большая часть армии ещё не была собрана при Ландсберге, находилась в походе, и никакой позиции взято не было. В рассуждении сего я почёл долгом лучше со всем отрядом моим пожертвовать собою столь сильному неприятелю, нежели, ретируясь, привлечь неприятеля за собой и через то подвергнуть всю армию опасности».
На следующий день Барклай де Толли был тяжело ранен и пятнадцать месяцев находился на излечении в Мемеле. Там его посетил царь. Состоялась продолжительная беседа, которая определила последующую карьеру Михаила Богдановича.
В Русско-шведскую войну 1808–1809 годов Барклай де Толли командовал уже корпусом, который по льду перешёл пролив Кваркен. Это была блестящая операция, способствовавшая успешному развитию дальнейшего хода военных действий, по окончании которых Михаил Богданович был назначен генерал-губернатором Финляндии.
В январе 1810 года новое назначение — военный министр. Барклай де Толли провёл ряд реформ и осуществил ряд мероприятий по подготовке к войне. Было разработано первое в России положение о полевом управлении войсками — «Учреждение для управления Большой действующей армией» и введён новый Устав о пехотной службе.
Отечественную войну Михаил Богданович встретил командующим 1-й Западной армией. Как военный министр, он имел право давать указания командующему 2-й Западной армией П. И. Багратиону. Обе армии отступали. Это возмущало экспансивного грузина, и он с раздражением писал начальнику штаба 1-й армии А. П. Ермолову: «Я не понимаю ваших мудрых манёвров. Мой манёвр — искать и бить. За что вы срамите Россию и армию? Наступайте, ради бога! Ей-богу, неприятель места не найдёт, куда ретироваться. Они боятся нас… Нет, мой милый, я служу моему природному государю, а не Бонапарте. Мы проданы, я вижу, нас ведут на гибель. Наступайте! Ей-богу, оживим войска и шапками их[139]
закидаем».В 1-й армии находился старший брат царя Константин Павлович. Вокруг него группировались все недовольные командующим. Чтобы пресечь разномыслие, Михаил Богданович под благовидным предлогом отослал Константина в Петербург. Взбешённый цесаревич кричал (при свидетелях):
— Немец, изменник, подлец, ты предаёшь Россию!
Отступление не в характере русского человека. Барклая де Толли кляли все — от рядовых солдат до высших офицеров. Его стратегии не понимали и не одобряли. Подозрение вызывала национальность командующего. По поводу его фамилии говорили: «Болтай, да и только» В стотысячной массе подчинённых ему людей Михаил Богданович был одинок, и Пушкин прочувствовал это:
Ф. Н. Глинка, видевший Михаила Богдановича в это время, писал в походном дневнике: «Пылают ли окрестности, достаются ли села, города и округи в руки неприятеля; вопиет ли народ, наполняющий леса или великими толпами идущий в дальние края России, его ничто не возмущает, ничто не сильно поколебать твёрдости духа его. Часто бываю волнуем невольными сомнениями: куда идут войска? Для чего уступают области? И чем, наконец, всё это решится? Но лишь только взглядываю на лицо этого вождя сил российских и вижу его спокойным, светлым, безмятежным, то в ту же минуту стыжусь сам своих сомнений. Нет, думаю я, человек, не имеющий обдуманного плана и верной цели, не может иметь такого присутствия, такой твёрдости духа!..»