Вскоре администрации УВМС удалось договориться с научным руководителем проекта — фон Нейманом, который никогда особо не ладил с Теслой. Нейман был блестящим ученым, но как руководитель и администратор предпочитал прислушиваться к мнению вышестоящих инстанций, а не к доводам собственного разума. Неймана назначили директором проекта, и новый руководитель с большим энтузиазмом принялся за дело, начав интенсивную подготовку к серии решающих опытов.
Тесла скончался в январе 1943 года, и уже ничто не могло остановить исследования «воздействия фактора-Х на биологическую среду». Существует версия, что незадолго до своей смерти Тесла отправил несколько писем в самые высокие инстанции, где аргументированно доказывал необходимость немедленного прекращения подготовки к заключительному этапу «Филадельфийского эксперимента». Так ли это — сказать трудно, ведь секретные службы сразу же после смерти изобретателя полностью конфисковали весь его архив, включая личные бумаги и письма.
Нейман заново пересмотрел схему эксперимента и решил, что потребуются не два, а три очень мощных генератора Теслы. Выдающийся теоретик, конечно же, и сам допускал, что эксперимент может оказаться смертельно опасным для экипажа, как это предсказывал Тесла. Он решил, что третий, дополнительный генератор позволит преодолеть трудности. У него еще было время изготовить третий генератор, но на отладку синхронизации с остальными двумя времени не оставалось. Последний генератор ни разу не запустили, поскольку передаточный механизм, как оказалось, не соответствовал нужным параметрам. Нейман не был удовлетворен подготовкой эксперимента, но руководство не собиралось больше ждать.
Летом 1943 года были проведены первые контрольные испытания с экипажем на борту. Сеанс работы секретного электронного оборудования продолжался четверть часа и сразу же выявил проблемы с командой. Вначале все без исключения испытывали сильное головокружение и тошноту. Затем начались психические припадки, и по палубе с пеной на губах стали кататься несколько человек. После прекращения опыта все члены судовой команды еще очень долго испытывали пульсирующую головную боль, сильную слабость и периодические рвотные позывы. Впоследствии несколько человек пришлось списать на берег, а трех «вчистую комиссовать» из-за явных признаков душевных расстройств и психической неуравновешенности.