Великий магистр избирался Великим (или Всеобщим) капитулом и исполнял свои обязанности до своей смерти или отставки. Процесс выборов был строгим и сложным. Второй в ордене человек после предыдущего Великого магистра (впоследствии Гроссмейстера) назначал дату и место встречи всех рыцарей из близлежащих окрестностей, которые освобождались на это время от обязанностей. Кроме того, вызывали представителей из более отдаленных местностей. Когда высшее руководство и представители были в сборе, этот заместитель рекомендовал рыцаря, который станет первым выборщиком. Если собравшиеся одобряли этот выбор, тот рыцарь называл второго выборщика, и каждый голосовал, одобряя его или требуя представить на рассмотрение другое имя, и так до тех пор, пока соглашение не будет достигнуто. Затем двое выбирали следующего, и собравшиеся соглашались или нет, до тех пор, пока восемь рыцарей, один священник и четверо братьев низшего ранга не оказывались избранными в качестве окончательных выборщиков. Затем выборная коллегия давала клятву исполнять свои обязанности без предубеждения или предварительного сговора и выбрать наилучшего человека, пригодного для вакантной должности. На закрытом заседании первый выборщик давал коллегии первоначальную рекомендацию. Если этот кандидат не набирал большинства голосов, то затем кто-то другой, в свою очередь, предлагал другое имя, до тех пор пока выбор не был сделан. Когда коллегия оглашала свое решение капитулу, священники начинали петь «ТЕ DEUM LAUDAMUS» и сопровождали нового магистра к алтарю, чтобы привести его к клятве в новом звании.
Гроссмейстер выполнял в первую очередь функции дипломата и управляющего хозяйством. Выборы обычно возносили его над статусом, которым он обладал по праву рождения. Он встречался со знатными людьми и церковниками из мест, где протекала деятельность ордена, вел пространную переписку с более отдаленными монархами и прелатами, включая императора и папу. Он много путешествовал, посещая различные монастыри ордена, проверяя дисциплину и следя, чтобы ресурсами должным образом распоряжались.
Гроссмейстер назначал чиновников, которые были его ближайшими советниками. Гроссмейстер, главнокомандующий военными силами ордена в Святой земле и казначей разделяли ответственность за три ключа к огромному сундуку, в котором хранились сокровища ордена. Эта ответственность подчеркивала пределы власти, вручавшейся одному человеку, какой бы пост он ни занимал. Важные решения всегда принимались группой людей, часто Великим магистром и его подчиненными, но часто также и по решению Великого капитула.
Казначей отвечал за финансовые вопросы: хотя рыцари давали обет бедности, орден в целом не мог бы существовать без еды, одежды, оружия, хороших лошадей, услуг ремесленников, возниц и корабельщиков, чья работа оплачивалась деньгами. Теоретически только высшие чиновники ордена могли знать о его финансовом положении, но на практике все участники Великого капитула получали достаточно информации, чтобы планировать строительство замков, церквей, госпиталей, ведение военных кампаний, и они передавали эту информацию своим братьям-рыцарям и капелланам.
Великий командор отвечал за повседневную деятельность в областях, не связанных напрямую с военными действиями. Он управлял младшими по рангу официальными лицами, контролировал казначея в сборе и расходовании средств, вел переписку и хранил сообщения в архивах. Его обязанности были, очевидно, почти такими же, как обязанности Великого магистра, хотя менее масштабными, и он командовал военными силами в Святой земле в отсутствие Великого магистра. Существовали также региональные командоры в Священной Римской империи (Австрия, Франкония и т.д.) и местные кастеляны, которые возглавляли многочисленные монастыри и госпитали.
Маршал отвечал за готовность к военным действиям. Его должность, изначально связанная с заботой о конях (от marshal – конюх), подчеркивает значение, которое имели оснащение и подготовка кавалерии для успешных боевых действий. Этой стороне своих обязанностей он отдавал большую часть времени. Теоретически ризничий и командор госпиталя были подчинены ему, однако на практике они были в высшей степени самостоятельными. И пожалуй, лучше считать эти звания почетными, поскольку они не были эквивалентными современным постам глав бюрократического аппарата. Вместе они образовывали опытный внутренний совет, на который Гроссмейстер мог полагаться.
Дела, затрагивающие подданных ордена, торговых партнеров и других правителей, решались в атмосфере монаршего двора. Гроссмейстер выслушивал просьбы, внимал доводам и давал ответ после того, как приходил к определенному решению. Архивы ордена хранили сотни тысяч документов. Более важные хранились у писцов Гроссмейстера, чтобы легче было наводить справки, прочие располагались в местных монастырях.