Физические особенности этого моря, конечно, нельзя воспринимать как нечто само собой разумеющееся. Средиземное море обладает рядом особенностей, обусловленных его замкнутым характером. В отдаленные геологические времена оно было полностью закрытым, а примерно между 12 и 5 миллионами лет назад испарение достигло такой степени, что бассейн Средиземного моря превратился в глубокую и пустую пустыню; считается, что после прорыва Атлантики оно было затоплено водой за пару лет. Он теряет воду за счет испарения быстрее, чем речные системы, впадающие в Средиземное море, способны ее восполнить, что неудивительно, если вспомнить, насколько ничтожны некоторые из рек: маленькие речушки Сицилии и Сардинии, исторические, но не значительные Тибр и Арно (Арно в разгар лета превращается в струйку вверх по реке от Флоренции). Правда, Средиземноморье черпает воду из огромной речной системы Нила, а По и Рона также вносят свой вклад. Среди европейских рек косвенный вклад вносят Дунай и речные системы России, поскольку Черное море вбирает воду из нескольких крупных артерий, протянувшихся вглубь суши. В результате в Черном море образуется избыток неиспарившейся воды, создающий быстрое течение, которое устремляется мимо Стамбула в северо-восточную часть Эгейского моря. Но это компенсирует лишь 4 процента потерь воды в Средиземном море, и основным источником, восполняющим потери от испарения, является Атлантический океан, который обеспечивает постоянный приток холодной атлантической воды, в определенной степени уравновешиваемый оттоком средиземноморской воды, которая (из-за испарения) более соленая и, следовательно, более тяжелая; прибывающая вода идет поверх уходящей воды. Таким образом, тот факт, что Средиземное море открыто на своих концах, имеет решающее значение для его выживания как моря. Открытие третьего канала в Суэце имело более ограниченные последствия, поскольку морской путь проходит через узкие каналы, но оно привело в Средиземное море виды рыб, обитающих в Красном море и Индийском океане.
Приток воды из Атлантики мешал средневековым мореплавателям регулярно выходить из Гибралтарского пролива, но не мешал викингам, крестоносцам и другим путешественникам проникать в Средиземное море. Основные течения следуют вдоль берегов Африки на восток от Гибралтара, огибают Израиль, Ливан и Кипр, затем огибают Эгейское, Адриатическое и Тирренское моря и вдоль французского и испанского побережья возвращаются к Геркулесовым столбам. Эти течения оказали значительное влияние на легкость передвижения судов по Средиземному морю, по крайней мере, во времена весел и парусов. Оказалось даже возможным использовать течения для плавания против средиземноморских ветров. Погодные системы в этом регионе, как правило, движутся с запада на восток, так что ветры могут быть выгодно использованы для перевозки судов весной из портов между Барселоной и Пизой в сторону Сардинии, Сицилии и Леванта, хотя зимой в западной части Средиземноморья основное влияние оказывает североатлантическая погодная система, а летом - атлантический субтропический максимум, расположенный над Азорскими островами. Влажная и ветреная погода зимой характеризуется мистралем, приносящим холодный воздух в долины Прованса, но у него есть много близких родственников, таких как бора или трамонтана в Италии и Хорватии. Джон Прайор отметил, что "Залив льва" у берегов Прованса назван так потому, что рев мистраля напоминает рев льва. Никто не должен недооценивать неприятность или опасность зимнего шторма в Средиземном море, несмотря на современный образ залитого солнцем моря. Время от времени над Сахарой формируются погодные системы низкого давления, которые переносятся на север в виде тревожного ветра, известного как scirocco (Италия), xaloc (Каталония) или hamsin (Израиль, Египет); огромное количество красной сахарской пыли может быть выброшено на земли, окружающие Средиземное море. Пока корабли полагались на парус, преобладающие северные ветры ставили под угрозу навигацию вдоль побережья Северной Африки, поскольку они грозили выбросить суда на песчаные отмели и рифы южных берегов Средиземного моря, тогда как (как заметил Прайор) более крутой наклон большинства северных берегов Средиземного моря делал их гораздо более привлекательными для мореплавателей, как и их бухты и пляжи; однако эти бухты также были давним соблазном для пиратов, искавших укромный уголок или каморку. Переход с запада на восток, знаменитая левантийская торговля Средневековья, был проще для кораблей, отправлявшихся весной из Генуи или Марселя и следовавших вдоль северных берегов Средиземного моря, мимо Сицилии, Крита и вокруг Кипра, чтобы достичь Египта; до появления пароходов пересекать Крит и устье Нила не было обычной практикой. Конечно, нельзя быть полностью уверенным в том, что ветры и течения остались прежними. Однако в классических и средневековых источниках достаточно упоминаний о таких ветрах, как Бореас с северо-запада, чтобы понять, что бора имеет очень долгую историю.