С военной точки зрения, в годы мира и организация, и личный состав военной машины Токугава все больше и больше бюрократизировались. В системе Токугава самурайское сословие делилось на хатамото, или «знаменных», и го-кэнин, или «домашних». Хатамото, что буквально означает «под знаменем», — самураи с доходом от 100 до 10 000 коку. «Домашние» имели доход менее 100 коку; существовали также соответствующие подразделения для приближенных даймё. Основной военной функцией «знаменных» и «домашних» было формирование армии запаса. В случае войны «знаменные» должны были снарядить определенное число всадников, соответствующим образом вооруженных, и число это зависело от их дохода. В самом начале сёгуната Токугава число это равнялось приблизительно трем воинам на каждые 100 коку, откуда можно рассчитать и вклад отдельных даймё в формирование армий, сражавшихся при Сэкигахара. Надо отметить, что во время корейской войны Хидэёси потребовал от даймё Кюсю по шесть человек на каждые 100 коку и меньшее число людей от других магнатов, пропорционально удаленности их владений от Кюсю. Разнарядка, или предписание о распределении по видам оружия, пересматривалась в 1616, 1632 и 1642 гг., и последнее предписание оставалось в силе до конца существования сёгуната. По предписанию 1649 г. «знаменный» с доходом, скажем, в 200 коку должен был выставить одного меченосца самурайского сословия («домашнего»), одного копьеносца (дитто) и трех человек прислуги (простолюдинов), что составляло, включая его самого, шесть человек. «Знаменный» с доходом в 1 000 коку выставлял одного аркебузира, одного лучника, двух копьеносцев, пять меченосцев и пять человек прислуги. Это совпадает с описанием европейского наблюдателя того времени, согласно которому даймё должен был снарядить по двадцать пехотинцев и по два всадника на каждые 1 000 коку своего годового дохода. Элиту армии Токугава составляла О-бан, или Великая Гвардия, которая первоначально делилась на три отряда. Когда армия Иэясу во время корейской войны отправилась в Нагоя нести гарнизонную службу, их было уже пять, а к 1623 г. число отрядов достигло двенадцати. Каждый отряд включал капитана (о-бан касира), пять лейтенантов (о-бан кумигасира) и пятнадцать гвардейцев (о-бан). Каждый капитан имел под своим началом тридцать «домашних», а его перечисленные выше подчиненные выставляли своих людей в соответствии с разнарядкой. Помимо Великой Гвардии, существовали также лейб-гвардия (соин-бан), охранявшая персону сёгуна; Внутренняя Стража (косо-бан), охранявшая замок Эдо; Новая Гвардия (син-бан), ничего конкретного не охранявшая и сформированная в 1643 г., скорее всего, затем, чтобы обеспечить должностями родственников многочисленных наложниц третьего сёгуна Токугава, Иэмицу.