Иноземного вторжения, которого Бандзан опасался, не произошло, однако, когда он был еще молодым, самураи были весьма обескуражены одним внутренним событием. Это было восстание на Симабара, мятеж, которому по причине его религиозной подоплеки много внимания было уделено западными историками. Само восстание началось как крестьянский бунт, возглавленный горсткой отчаянных ронинов, которые восстали против чудовищных злоупотреблений местного даймё, Мацукура Сигэхару. Этот отвратительный тип имел обыкновение пытать своих крестьян всевозможными мучительными способами, как-то: связывал их, одевая в соломенный дождевик, а затем поджигал солому. Мало у кого из повстанцев было оружие, когда начался мятеж, но они быстро восполнили этот пробел, заманив в засаду правительственный карательный отряд. Затем они укрылись в полуразрушенном замке Хара на полуострове Симабара, который наскоро восстановили. Вскоре на стенах замка появились христианские знамена и большие деревянные кресты, и он превратился в средоточие сопротивления любым формам угнетения. Считают, что в замке собралось до 37 000 человек, включая женщин и детей, когда Итакура Сигэмаса попытался взять его штурмом во главе 50-тысячной армии. К великому изумлению и негодованию самураев, им пришлось отступить с большими потерями. Во время очередного приступа, в день японского нового года в 1638 г., Итакура был убит, а его преемник Мацудайра Нобуцуна начал блокаду замка. И здесь, уже не в первый раз в истории Японии, пришли на помощь европейские «торговцы оружием». Голландские пушки бомбардировали замок с суши, а голландские корабли обстреливали его с моря. Голландское участие, однако, вскоре прекратилось – в лагерь осаждавших были выпущены из замка стрелы с посланиями, где их осмеивали за то, что они полагаются на иностранцев. К 4 апреля 1638 г. в замке кончилась провизия, а вылазка, которую осажденные предприняли, чтобы захватить припасы, окончилась неудачно. 12 апреля осаждавшие атаковали ослабленный гарнизон, и им удалось прорваться через внешние стены. После двухдневного сражения замок пал, его защитники отбивались до последнего, используя в качестве оружия горшки и кухонные котлы.
Восстание на Симабара было потрясением для сёгуната. Толпа христиан, земледельцев и ронинов, смогла противостоять армии хорошо обученных, как считалось, самураев. Это событие было предвестником упадка самурайства.
Самым непосредственным результатом восстания на Симабара стало появление амбициозного проекта, который, будь он осуществлен, мог бы добавить немало интересных глав к истории самураев. В 1624 г. несколько кораблей, принадлежавших Мацукура Сигэмаса, даймё Симабара и отцу упомянутого выше тирана Сигэхару, были занесены ветром в Лусон на Филиппинских островах. Моряки вступили в контакт с местным населением и по возвращении доложили обо всем Мацукура. Описание Филиппин заставило Мацукура подумать о вторжении на эти острова, и он обратился за разрешением к сёгуну. Столь невероятный замысел едва ли мог получить поддержку, если бы не тогдашнее соперничество между голландскими протестантами и испанскими католиками. Голландцы увидели в этом плане прекрасный способ уменьшить испанское влияние в регионе и снабдили сёгуна картами, лоциями, пушками и бесчисленными советами. Они предложили даже переправить всю японскую армию вторжения численностью порядка 10 000 солдат и обеспечить охрану транспортных судов от испанских галеонов. Проект отложили, когда в 1630 г. умер Мацукура, но в 1637 г. сёгун дал разрешение продолжить подготовку к вторжению на Филиппины. Однако в 1637 г.сын Мацукура Сигэмаса был занят подавлением мятежа на Симабара, а когда восстание закончилось, бессмысленность этого проекта стала очевидна, и от него просто отказались.