Некоторое подозрение в свободомыслии сохранилось и за самой Елизаветой. "Ни одна женщина," сказал Джон Ричард Грин, "никогда не жила, которая была бы так полностью лишена религиозных чувств."50 "Елизавета, - по мнению Фруда, - была лишена отчетливых эмоциональных убеждений... Елизавета, для которой протестантское вероучение было столь же мало истинным, как и католическое... с латитудинарным презрением относилась к теологическому догматизму".51 Она призывала Бога - страшными клятвами, которые приводили в ужас ее министров, - уничтожить ее, если она не сдержит обещание выйти замуж за Аленсона, в то время как в частной жизни она шутила над его притязаниями на ее руку.52 Она заявила испанскому посланнику, что разница между враждующими христианскими вероисповеданиями "всего лишь рогатка", после чего он заключил, что она атеистка.53
Тем не менее она, как и почти все правительства до 1789 года, считала само собой разумеющимся, что некая религия, некий сверхъестественный источник и санкция морали, необходимы для социального порядка и стабильности государства. Некоторое время, пока она не укрепила свои позиции, она, казалось, колебалась и играла на надеждах католических властителей, что ее удастся привлечь к их государственной вере. Ей нравились католические церемонии, безбрачие духовенства, драматизм мессы, и она могла бы заключить мир с церковью, если бы это не означало подчинения папству. Она с недоверием относилась к католицизму как к иностранной силе, которая может заставить англичан поставить верность церкви выше верности королеве. Она была воспитана в протестантизме своего отца, который был католицизмом за вычетом папства, и именно его она решила восстановить в Англии. Она надеялась, что полукатолическая литургия ее англиканской церкви успокоит католиков в сельской местности, а отказ от папства удовлетворит протестантов в городах; в то же время государственный контроль над образованием сформирует новое поколение елизаветинского поселения, и разрушительные религиозные распри утихнут в мире. Она заставила свои колебания в религии, как и в браке, служить своим политическим целям; она держала потенциальных врагов в замешательстве и расколе, пока не смогла столкнуть их с уже свершившимся фактом.
Многие силы призывали ее завершить Реформацию. Континентальные реформаторы писали, чтобы заранее поблагодарить ее за восстановление нового богослужения, и их письма трогали ее. Владельцы бывшей церковной собственности молились о создании протестантского поселения. Сесил призывал Елизавету стать лидером всей протестантской Европы. Лондонские протестанты выразили свои настроения, обезглавив статую святого Фомы и выбросив ее на улицу. Ее первый парламент (с 23 января по 8 мая 1559 года) был в подавляющем большинстве протестантским. Средства, о которых она просила, были приняты без оговорок и задержек, а для их сбора был введен налог на всех людей, церковных и светских. Новый Акт о единообразии (28 апреля 1559 г.) сделал "Книгу общих молитв" Кранмера в новой редакции законом английской литургии и запретил все другие религиозные обряды. Месса была отменена. Все англичане были обязаны посещать воскресную службу англиканской церкви или лишаться шиллинга на помощь бедным. Новый Акт о верховенстве (29 апреля) провозгласил Елизавету верховной правительницей Англии во всех делах, духовных и мирских. Клятва верховенства, признающая религиозный суверенитет королевы, требовалась от всех священнослужителей, юристов, учителей, выпускников университетов и магистратов, а также от всех служащих церкви или короны. Все важные церковные назначения и решения должны были приниматься церковным судом высокой комиссии, выбранным правительством. Любая защита папской власти над Англией должна была караться пожизненным заключением за первое преступление и смертью за второе (1563). К 1590 году все английские церкви стали протестантскими.
Елизавета притворялась, что не преследует мнения; любой человек, по ее словам, может думать и верить как ему угодно, если он подчиняется законам; все, чего она требует, - это внешнего соответствия ради национального единства. Сесил заверил ее, что "государство никогда не будет в безопасности там, где терпимо относятся к двум религиям".54-что не помешало Елизавете потребовать терпимости к французским протестантам в католической Франции.55 Она не возражала против мирного лицемерия, но свобода мнений не должна была быть свободой слова. Проповедники, не согласные с ее взглядами по любому важному вопросу, замолкали или увольнялись.56 Законы против ереси были пересмотрены и приведены в исполнение; унитарии и анабаптисты были объявлены вне закона;57 пять еретиков были сожжены во время правления, что казалось скромным числом для своего времени.