Но Елизавета чувствовала, что пуританское движение угрожает всему поселению, с помощью которого она планировала смягчить религиозные распри. Кальвинизм она считала доктриной Джона Нокса, которого она никогда не простила за его презрение к женщинам-правительницам. Пуританский догматизм она презирала еще сильнее, чем католический. Она питала неизбывную любовь к распятию и другим религиозным изображениям, и в начале своего правления в иконоборческой ярости уничтожала картины, статуи и витражи,82 она присудила возместить ущерб пострадавшим и запретила подобные действия в будущем.83 Она не была привередлива в своем языке, но возмущалась тем, что некоторые пуритане описывали Молитвенник как "вырезанный и подобранный из этой попской свалки, Книги мессы", а Суд высшей комиссии - как "маленькую вонючую канаву".84 Она видела во всенародном избрании священнослужителей и в управлении Церковью пресвитериумами и синодами, независимыми от государства, республиканскую угрозу монархии. Только монархическая власть, считала она, могла сохранить Англию протестантской; народное избирательное право восстановило бы католицизм.
Она призывала епископов беспокоить смутьянов. Архиепископ Паркер подавлял их публикации, заставлял их молчать в церквях и препятствовал их собраниям. Пуританские священнослужители организовывали группы для публичного обсуждения отрывков из Писания; Елизавета велела Паркеру положить конец этим "пророчествам", и он так и сделал. Его преемник, Эдмунд Гриндал, пытался защитить пуритан; Елизавета отстранила его от должности; а когда он умер (1583), она назначила в Кентербери своего нового капеллана, Джона Уитгифта, который посвятил себя тому, чтобы заставить пуритан замолчать. Он потребовал от всех английских священнослужителей принести клятву о согласии с Тридцатью девятью статьями, Молитвенником и религиозным верховенством королевы; он вызвал всех возражающих в суд Высокой комиссии, и там они подверглись такому подробному и настойчивому расследованию их поведения и убеждений, что Сесил сравнил эту процедуру с испанской инквизицией.85
Пуританское восстание усилилось. Решительно настроенное меньшинство открыто отделилось от англиканской общины и создало независимые конгрегации, которые избирали своих собственных священников и не признавали епископального контроля. В 1581 году Роберт Браун, ученик (впоследствии враг) Картрайта и главный рупор этих "независимых", "сепаратистов" или "конгрегационалистов", перебрался в Голландию и опубликовал там два трактата с изложением демократической конституции для христианства. Любая группа христиан должна иметь право организовывать свои богослужения, формулировать собственное вероучение на основе Писания, выбирать своих лидеров и жить своей религиозной жизнью без вмешательства извне, не признавая никаких правил, кроме Библии, никакого авторитета, кроме Христа. Двое последователей Брауна были арестованы в Англии, осуждены за неуважение к религиозному суверенитету королевы и повешены (1583).
Во время кампании по выборам в парламент 1586 года пуритане вели ораторскую войну против любого кандидата, не симпатизирующего их делу. Одного из них заклеймили как "обычного игромана и любителя горшков"; другого - как "подозреваемого в папизме, очень редко посещающего свою церковь и распутника"; это были дни мужественных речей. Когда собрался парламент, Джон Пенри представил петицию о реформе церкви и возложил на епископов ответственность за злоупотребления в клире и народное язычество. Уитгифт приказал арестовать его, но вскоре он был освобожден. Антоний Коуп представил законопроект об упразднении всего епископального учреждения и реорганизации английского христианства по пресвитерианскому плану. Елизавета приказала парламенту снять законопроект с обсуждения. Питер Уэнтуорт поднял вопрос о свободе парламента, и четыре члена поддержали его; Елизавета заточила всех пятерых в Тауэр.
Разочаровавшись в парламенте, Пенри и другие пуритане обратились к прессе. Уклоняясь от жесткой цензуры публикаций Уитгифта, они наводнили Англию (1588-89 гг.) чередой частных памфлетов, подписанных "Мартин Марпрелат, джентльмен", в которых в сатирических выражениях нападали на власть и личные качества епископов. Уитгифт и Высшая комиссия задействовали все механизмы шпионажа, чтобы найти авторов и печатников; но печатники переезжали из города в город, и общественное сочувствие помогло им избежать обнаружения до апреля 1589 года. Профессиональные писатели, такие как Джон Лайли и Томас Нэш, были привлечены для ответа "Мартину" и составили ему хорошую конкуренцию в скудоумии. Наконец, когда закончился "Биллингсгейт", споры утихли, и умеренные люди оплакивали деградацию христианства в искусство злословия.