Гомаристы настаивали на том, что подобные вопросы могут решать только священнослужители; они так успешно клеймили ремонстрантов как папистов, пелагиан или унитариев, что большая часть протестантского населения перешла на сторону прецизианцев. Морис Нассауский перешел от презрительного игнорирования теологических споров к примерному объединению с ортодоксальной партией, поскольку это давало ему популярную основу для попытки вернуть себе национальное лидерство.
Последовала битва проповедей и памфлетов, более чем по-военному ожесточенная. Жестокие беспорядки нарушили мирное перемирие. В Гааге совершались налеты на дома "либертинов", ортодоксальные кальвинистские проповедники были изгнаны из Роттердама. Голландия собрала армию, чтобы защитить свою теологию; другие провинции последовали ее примеру; казалось, гражданская война вот-вот уничтожит республику, так недавно зародившуюся. 4 августа 1617 года Ольденбарневельдт провел через совет Голландии "страшную резолюцию", которая показалась Морису очень резкой, провозглашающую верховенство государства в вопросах религии и предписывающую городам провинции вооружаться для защиты от насилия кальвинистов. Проезжая в Утрехт, он убедил провинциальный совет собрать войска для поддержки Голландии. 25 июля 1618 года Морис Нассауский, как законный глава армии, во главе вооруженных сил вошел в Утрехт и заставил его новые полки расформировать. 29 августа генеральные штаты Соединенных провинций приказали арестовать Ольденбарневельдта, Гроция и других лидеров Ремонстрантов. 13 ноября синод Реформатской церкви собрался в Дордрехте (Дорте), заслушал богословов-ремонстрантов, осудил их как еретиков и приказал уволить всех священнослужителей-ремонстрантов с церковных и образовательных должностей. Арминиане, как и католики, попали под запрет, им было запрещено проводить публичные собрания и богослужения. Многие из них бежали в Англию, где они были хорошо приняты в официальной церкви и оказали сильное влияние на англикан-широтников.
Олденбарневельдта судил специальный суд, который не предоставил ему никакой юридической помощи. Он был обвинен в измене и угрозе Союзу, в стремлении создать государство внутри государства. За пределами суда шквал памфлетов рекламировал недостатки его личной жизни. Он защищал себя с таким красноречием и силой, что его дети подняли майский шест перед его тюрьмой и с уверенностью праздновали его грядущее освобождение. 12 мая 1619 года суд признал его виновным, и на следующий день смертный приговор был приведен в исполнение. Гроций был приговорен к пожизненному заключению, но благодаря находчивости своей жены ему удалось бежать и дожить до написания памятной книги.
Несмотря на этот триумф нетерпимости, в провинциях росла религиозная свобода. Католики были слишком многочисленны, чтобы их можно было подавить, а доктринальные постановления Дортского синода не могли быть приведены в исполнение. В том же 1619 году меннониты свободно основали в Рейнсбурге свою квакерскую секту "Коллегиантен", в которой Спиноза нашел безопасное убежище. В 1629 году Декарт восхвалял интеллектуальную свободу, которой он наслаждался в Амстердаме, а к концу века Голландия стала пристанищем для еретиков из многих стран.
9 августа 1621 года война с Испанией возобновилась. Эрцгерцог Альберт умер бездетным, и южные Нидерланды отошли к Испании. Спинола напал на пограничные города Нидерландов. Морис выступил против него, но годы борьбы измотали его, и внезапно, в возрасте пятидесяти семи лет, он умер (1625). Спинола захватил Бреду, открыв тем самым дорогу на Амстердам и дав тему Веласкесу.
Голландцы упорно сопротивлялись. Фредерик Генрих, сменивший брата на посту стадхолдера, удивил врагов и друзей своими доселе скрытыми талантами государственного деятеля и полководца. Благодаря дипломатии Франциска Аерссенса он добился от Ришелье ежегодной субсидии в миллион ливров; он собрал новую армию; после долгих осад взял Хертогенбос, Маастрихт, Бреду; к счастью, Спинола был отозван в Ломбардию.