На северо-востоке (в Маньчжурии) объявление в 1901 году о масштабных реформах во всех сферах управления, так называемой Новой администрации, стало сигналом к новой кампании по пересмотру политики Цин в отношении пограничных территорий путем официального открытия этого региона для колонизации. К концу правления династии великий наплыв китайских переселенцев достиг своего пика. Население северо-восточных провинций выросло с 12 миллионов в 1894 году до более чем 18 миллионов в 1912 году. Монгольских скотоводов теснили к западу от Ивовых Палисадов наступающие китайских земледельцев на пастбищах. Правительство также увеличило число китайских солдат в пограничных войсках, которые впервые были введены в Маньчжурию в 1880-х годах. К этому времени почти все население северо-востока говорило на китайском языке, за исключением монголов на западе и тунгусоязычного населения на амурской границе. В Монголии, как и в Маньчжурии, до середины XIX века политика Цин была направлена на сохранение старых боевых традиций и кочевого образа жизни против "плохих китайских обычаев". Для династии было жизненно важно, чтобы монгольские знамена продолжали служить в качестве военного резерва, как это было во время подавления восстания тайпинов. В том же духе Цин защищали и поощряли распространение буддизма ламы в Тибете и Монголии, одновременно пресекая контакты между Лхасой и ойратами, жившими за ее пределами. Их целью было, во-первых, предотвратить развитие регионального культурного центра, не находящегося под их прямым контролем; во-вторых, возвести культурный экран между ханьскими и монгольскими народами; и, в-третьих, обеспечить мир, стабильность и лояльность среди монголов под императорским правлением путем разделения.
В ходе культурных контактов между монголами и ханьцами процесс синизации шел ускоренными темпами, особенно во Внутренней Монголии. Монгольская знать постепенно кооптировалась в цинскую аристократию посредством междоусобных браков, службы в столице и необходимости назначать китайскоговорящих монгольских чиновников в пограничных провинциях. Монгольские вельможи, стремившиеся подражать роскошной жизни своих синизированных маньчжурских коллег, повысили налоги и открыли пастбища для китайских поселенцев. Они незаконно продавали землю и брали кредиты под высокие проценты у китайских купцов и банкиров. Рост китайской иммиграции в Южную Монголию начался еще в середине XIX века во время внутренних восстаний, охвативших центральные провинции. К концу века монгольская знать стала оплачивать расходы на свой показной образ жизни, открыв ворота для китайской иммиграции.
Религиозная политика маньчжуров подлила масла в огонь тлеющего недовольства. Пекин способствовал развитию двух буддийских религиозных центров во Внутренней и Внешней Монголии и поощрял рост монастырей за счет земельных пожалований. Нечестивый триединый союз между князьями-знаменосцами, монастыри и ханьские купцы истощили жизненные силы полукочевого общества и еще больше обнищали. Опасения монголов, что наплыв китайских иммигрантов теперь угрожает всему их образу жизни, усилились. Тем не менее, число колонистов во Внешней Монголии оставалось небольшим по сравнению с югом, где к 1919 году ханьские иммигранты составляли более 88 % населения в четырех основных районах Внутренней Монголии.