Оставив своих представителей в Монголии, Соднам Гьятсо отбыл по другим делам, по пути основав монастырь Литанг, а также Гумбум, расположенный на месте рождения Цзонхавы. Но в 1582 году он вновь возвратился в Монголию, получив известие о смерти Алтан-хана, в поддержке которого он так нуждался. Вплоть до 1588 года Соднам Гьятсо оставался в Монголии, а потом предпринял путь домой, в Тибет, почувствовав приближение смерти. В этом долгом пути Далай-лама III скончался. Пепел его был доставлен со всеми подобающими почестями в Лхасу и помещен в монастыре Дрэпунг.
Обещание Соднама Гьятсо воплотиться в Монголии быстро сбылось, ибо четвертый Далай-лама был найден именно в Монголии и оказался не кем иным, как внуком Алтан-хана. Родился он в 1589 году и носил имя Йонтэн Гьятсо, а в Тибет попал лишь в возрасте 12 лет. В Лхасе был совершен торжественный обряд его интронизации. Его Учителем был Лобсанг Чойджин из монастыря Ташилунпо, который и получил от молодого Далай-ламы титул Панчен-ламы, Великого Ученого, – таким образом была основана новая линия перерождений, духовных Учителей Далай-лам. Первым Наставником первого Далай-ламы был Гедуб (1358-1438 гг.), личный ученик Цзонхавы, считавшийся воплощением дхьяни-будды Амитабхи, поэтому Лобсанг Чойджин был уже четвертым воплощением этого будды и, узнанный в качестве такового, стал первым Панчен-ламой.
Йонтэн Гьятсо в 1605 году потерпел поражение в стычке с представителями линии кагью, войска Шамарпы вошли в Лхасу; говорят, что в их рядах находилось много сторонников бон, воевавших с гелуг на стороне кагью. Надо сказать, что момент для действий военных ястребов кагью был самым подходящим. В 1603 году умер девятый Кармапа, а десятый, родившийся в 1604 году, был возведен на трон лишь в 1611 году. Соответственно, всеми делами кагью заправлял шестой тулку Шамар Чокьи Вангчук. Он и повел войска на Лхасу, возглавив борьбу за господство в Тибете, ради которого надлежало победить традицию гелуг. Далай-лама IV умер в 1617 году, в возрасте 28 лет, в монастыре Дрэпунг; тело его, согласно обычаю, кремировали, половину пепла оставили в Дрэпунге, а вторую половину увезли в Монголию. Так несчастливо сложилась и бесславно закончилась жизнь монгольского воплощения Далай-ламы в Тибете.
Но следом за ним в 1617 году родился великий Далай-лама V Нгаванг Лобсанг Гьятсо, так и вошедший в историю как Великий Пятый. Его появление в Тибете пришлось на год Огненной Змеи, которым был 1617 год. Родился он отнюдь не в лучшие времена традиции гелуг, а потому маленького Далай-ламу тщательно прятали, скрывая ото всех его местопребывание; более того, никто даже не знал, кто он. Далай-лама V воспитывался в окружении строгой тайны в Южном Тибете, в округе Е, и в 1625 году принял рукоположение в монахи от Панчен-ламы. Между кагью и гелуг шла непримиримая борьба не на жизнь, а на смерть, так что люди Шамарпы даже предприняли попытку, к счастью неудачную, убить юного Далай-ламу.
В дело вмешались войска монгольского Гуши-хана, вторгшиеся в Тибет ради восстановления истинной веры, упирая на то, что на стороне войск красношапочного Шамарпы выступили сторонники бон. Был убит глава бон Донье Дордже, все центры сопротивления войск кагью были подавлены, и в Лхасе были возжжены благовония. Далай-лама V прибыл в Шигацзе, и здесь в монастыре Ташилунпо Гуши-хан передал Гьялве Нгавангу Лобсангу Гьятсо верховную власть над всем Тибетом, что, конечно же, сопровождалось необычайно пышной церемонией.
Соднам Чойпал, который был одним из трех послов гелуг, прибывших к монголам-джунгарам и убедивших Гуши-хана начать войну с врагами веры в священной стране Тибет, был назначен
Но далее Великий Пятый стал все более стремительно проводить политику независимости Тибета и от Монголии, и от Китая, причем очень удачно. Ему вообще сопутствовала удача во всех его делах и начинаниях. В 1645 году началось строительство грандиозного дворца Поталы, предназначенного стать главной резиденцией Далай-лам. И это предназначение исполнилось. Первый камень дворца был заложен на горе Марпори, которая возвышалась над всей округой; на ней тогда еще сохранялись развалины дворца Марпори, построенного тысячу лет назад цэнпо Сронцзэнгампо. Теперь Потала, небесный рай Тары и Авалокитешвары, спустилась на землю.
В 1679 году Далай-лама V сменил своего промонгольского деши, назначив на его место тридцатилетнего Санджая Гьятсо, о котором говорили, что он является внебрачным сыном Далай-ламы.