Если говорить о некоторых контурах «Азиатского института СС», то располагаться он должен был в Берлине, так как именно там находились не только необходимые для работы библиотеки, архивы и музеи, но в столицу рейха легко могли прибыть любые лояльные иностранцы. В самом здании института кроме стандартных помещений должны были располагаться некие «затемненные комнаты» и также специальные теплицы, в которых можно было бы разводить привезенные с Востока растения.
Поначалу удивляет, что на предложенный план Генрих Гиммлер фактически никак не прореагировал. От него не последовало никакой реакции. Рейхсфюрер продолжал выказывать Шеферу свои симпатии и благосклонность, но отнюдь не собирался обсуждать предложенный план создания «Азиатского института СС». Если сравнивать первоначальный проект института и возникший в рамках «Аненэрбе» отдел Центральной Азии и экспедиций, то в глаза бросается, что отдел в отличие от института был сугубо научной структурой. Не исключено, что в данном случае в Шефере взял верх не карьерист, а ученый. Но все-таки в 1939 году он хотел заполучить в свое распоряжение институт, который был бы независим, как от университетских учреждений, так и от «Наследия предков». Идея с попечительским советом как раз бы позволила Шеферу при общем подчинении Гиммлеру сохранять определенную независимость в своих действиях. Он искал свой путь, который должен был обеспечить ему и покровительство Гиммлера, и самостоятельность в принятии решений. Очевидно, что в тот момент вхождение в состав «Наследия предков» не совсем его устраивало. Но вскоре Шефер понял, что несмотря на симпатии рейхсфюрера СС, тот не собирался давать ему возможности занять ка-кое-то особое положение.
Впрочем, и в самом «Аненэрбе» к Шеферу поначалу относились неоднозначно. Для сотрудников «Наследия предков» он был сложно идентифицируемым типом. Учитывая, что до этого момента в структуре «Аненэрбе» превалировали гуманитарные отделы, то к тибетологу относились как к весьма сомнительному ученому Но идея создания в рамках «Наследия предков» азиатского института (руководство эсэсовского исследовательского общества совершенно неправильно трактовало намерения Шефера) была все-таки поддержана. В данной ситуации Шефера выручило его исследовательское чутье. Он видел, что Гиммлер намеревался перепрофилировать «Аненэрбе», сделав акцент на изысканиях в области естествознания, которые могли бы быть практически полезны СС. С этой точки зрения Шефер для рейхсфюрера СС был просто находкой. Для Гиммлера не было сомнений, что Шефера надо было вводить в состав «Аненэрбе». В итоге двое из участников тибетской экспедиции СС станут занимать ключевые посты в «Наследии предков». Это будут Эрнст Шефер и Бруно Бегер. Начавшаяся мировая война поставила гуманитарные отделы «Аненербе», чьи разработки не имели прикладного значения, в весьма невыгодное положение. Но отделы, которые должны были заниматься «практическими изысканиями», напротив, оказались в фаворе. В своих автобиографических записках Шефер не раз высказывал мысль, что самой большой его целью была независимость исследований. По этой причине он пытался избежать попадания в «Аненэрбе». Но все попытки были тщетными.