В итоге, после повальной мобилизации сотрудников гуманитарных отделов «Аненэрбе», центром исследовательского общества СС стал замок Миттерзилль в Пинцгау. При этом возглавляемый Шефером Институт исследования Центральной Азии имени Свена Хедина использовался им только для продолжения академической карьеры, что также позволяло в определенной мере продолжать исследования. После открытия в январе 1943 года Института Свена Хедина Шефер был постоянно привлечен к таким мероприятиям, как чтение лекций или ведение семинаров. Примечательно, что отмена кавказской экспедиции и основание в Мюнхене нового института происходили почти одновременно. Возможно, это было не простым совпадением. Шефер уже давно вынашивал планы о создании собственной исследовательской структуры. Но в глаза бросается тот факт, что он активизировал пропаганду собственных достижений именно в тот момент, когда под угрозой оказалась дальнейшая деятельность «Зондеркоманды К». Показ фильма Свену Хедину, равно как и само появление шведского путешественника на открытии мюнхенского института, вызвали большой резонанс. Шефер надеялся, что, грамотно организовав работу с общественностью, он мог избежать повальной мобилизации среди сотрудников его отдела.
Но когда выяснилось, что «Зондеркоманда К» была распущена не полностью, а Шефер и Бегер получили от Гиммлера своего рода карт-бланш на осуществление дальнейших исследований, то Шефер более не мог (да, наверное, и не хотел) быть связанным Мюнхенским университетом. В летнем семестре он должен был читать студентам курс лекций «Евразийская зоологическая топография». Но буквально накануне начала нового учебного семестра Шефер обращается к декану естественнонаучного факультета Мюнхенского университета с просьбой освободить его от чтения лекций. В своем заявлении он привел следующее обоснование: «В настоящее время наряду с исследованиями в институте Свена Хедина я выполняю поручение рейхсфюрера СС по подготовке экспедиционной группы из состава «Зондеркоманды К». Выяснилось, что как руководитель данной команды я буду обязан пребывать в месте подготовки экспедиционной группы (Габахталь — Зальцбург). Поступление на службу в Вермахт не позволит мне прочесть запланированный на летний семестр курс лекций. Поэтому прошу Вас, господин декан, освободить меня от данных учебных мероприятий». Вообще не удалось выяснить, читал ли действительно Шефер лекции в Мюнхенском университете или только собирался сделать это по конъюнктурным соображениям. На допросах после войны он утверждал, что чтение лекции осуществлялось непосредственно в замке Миттерзилль. В мае 1944 года из-за массированных бомбардировок баварской столицы центральные офисы Института исследования Центральной Азии имени Свена Хедина окончательно переносятся в этот замок. В итоге Шеферу так и не удалось сделать университетскую карьеру, о которой он мечтал всю жизнь.
Если говорить о «Зондеркоманде К» то, несмотря на то что она так никогда и не направилась в путешествие, все равно она была очень значительным экспедиционным проектом. В большом числе участников и неимоверном количестве оборудования нашли свое выражение тщеславные замыслы Шефера и Бегера. До настоящего момента так и не удалось выяснить, какой же была истинная цель запланированной кавказской экспедиции. Можно с уверенностью утверждать лишь одно — эта цель носила ярко выраженный идеологический характер и была очень важна лично для рейхсфюрера СС Генриха Гиммлера. По сути, «Зондеркоманда К» стала последним крупным проектом Эрнста Шефера.
Вместо послесловия
Финал в замке Миттерзилль
Научная деятельность «Аненэрбе», связанная с тайными операциями, сыграла в конце войны с Шефером злую штуку. Когда центр «Наследия предков» переместился в замок Миттерзилль, среди местного населения поползли недобрые слухи. В то время, как «Аненэрбе» должно было доказывать свое право на продолжение исследовательских проектов во время войны, в окрестностях Миттерзилля становилось неспокойною. В итоге Шеферу пришлось выступать в роли специалиста по связям с общественностью. На Рождество 1944 года он был вынужден обратиться с праздничным поздравлением к местной католической общине. Уже один этого шаг указывает на то, в каких непростых условиях приходилось работать сотрудникам «Аненэрбе» в Митгерзилле. За несколько месяцев до окончания Второй мировой войны в руках Шефера оказалось сосредоточено множество властных полномочий. Он был не только руководителем одного из крупнейших отделов «Аненэрбе» и всего естественнонаучного сектора в данной организации, но и директором Института исследования Центральной Азии имени Свена Хедина, а еще фактическим командиром «Зондеркоманды К», которая официально так и не прекратила свою деятельность. Хотя Шефер и поздравил католиков с Рождеством, но сам он праздновал зимнее солнцестояние, которое входило в национал-социалистический календарь торжеств. По этому поводу Шефер произнес речь, которая больше напоминала доклад.