Политико-административная реформа страны предполагала увековечение политического господства Далай-ламы в тибетском государстве, управление которым полностью передавалось в руки религиозной иерархии. Власть Далай-ламы рассматривалась в качестве сакральной, поскольку он являлся человеческим воплощением Бодхисаттвы Авалокитешвары — спасителя и защитника всех страждущих. Иными словами, правящая религиозная иерархия возглавлялась, согласно этой концепции, самим Авалокитешварой, почитавшимся всеми школами тибетского буддизма. Термин «далай-лама» приобрел новый смысл — им теперь обозначался институт теократического правления в масштабе всего Тибета, а не только статус религиозного главы школы Гелугпа.
Следует особо подчеркнуть, что к XVII в. школы тибетского буддизма представляли собой зрелые религиозно-идеологические образования, располагавшие устойчивыми структурами передачи традиций и соответствующим кругом мирских последователей. Процесс возвышения школы Гелугпа и приход ее иерархов к политической власти, формирование теократического правления не имеют прямого отношения к истории укоренения буддизма в Тибете. Институт власти Далай-ламы возник в результате борьбы за политическое господство в стране — как исторический исход из ситуации феодальной раздробленности. Буддизм, твердо укоренившийся к XVII в. на тибетской историко-культурной почве, сыграл роль идеологического, концептуального инструмента в объединении государства, а идеи Цзонхавы, лежавшие в основе традиции Гелугпа, оказались наиболее эффективными в деле интеграции различных слоев населения Тибета.
Пятый Далай-лама перенес столицу из Шигадзе (район Цзан), города, исполнявшего столичные функции в период господства Ринпунгов, в Лхасу, в Центральный Тибет. Собственную резиденцию он основал в Потале, где ранее находился царский двор Ярлунгской династии. В 1644 г. пятый Далай-лама создал трактат, содержащий подробное описание главного храма Лхасы. В этом сочинении он обосновал перенос столицы страны на сакральную территорию первоцарей Тибета.
Проведенная пятым Далай-ламой реформа имела и административно-территориальный аспект. В стране были образованы только три крупные административно-территориальные единицы — Центральный Тибет (район Уй), столица которого Лхаса являлась одновременно и государственной, район Цзан со столицей Шигадзе и Кхам со столицей Гьянце. Монастырь Ташилунпо, располагавшийся в Цзане, стал постоянной резиденцией Панчен-ламы, а настоятель этого монастыря был объявлен четвертым тулку ученика Цзонхавы — Кхайдуба и воплощением Будды Амитабхи. Этот тип тулку и получил название «Панчен-лама». Вся территория района Цзан отдавалась в полное административное подчинение настоятеля Ташилунпо и всех его последующих «перерожденцев».
Эти новые административно-территориальные образования, в свою очередь, подчинялись власти Далай-ламы как политического главы государства. Была проведена перепись всех монастырей школы Гелугпа. В их собственность передавались земли, где располагались монастыри и проживало местное население. Каждый монастырь получил право самостоятельно рекрутировать новое монашество. Будущие монахи выбирались преимущественно из числа семи-, восьмилетних мальчиков, которые поступали в соответствующий монастырь на обучение, пополняя ряды монашества школы Гелугпа. Семья, отдавшая сына в монастырь, освобождалась от выплаты казенного налога, но была обязана обеспечить будущего монаха всем необходимым на период обучения — поставлять продовольствие, ткань для облачения, оплачивать труды его личного наставника. Кроме того, пятый Далай-лама установил количественную квоту полноправных монахов и насельников для каждого из монастырей.
Правительственный аппарат Далай-ламы состоял из двух представительных собраний — светских чиновников и монахов. В монашеское собрание могли быть избранны только те, кто получил высшую ученую степень в каком-либо из трех главных монастырей школы Гелугпа — Галдане, Сера, Брайбуне. Светские чиновники избирались из среды крупной земельной аристократии, идеологически лояльной школе Гелугпа.
Религиозно-доктринальные и социально-политические основания реформ, проведенных пятым Далай-ламой, нашли свою письменную фиксацию в двух сочинениях — в его собственном трактате «Чжалва Абидэбтэр» («Историческая хроника Тибета, изложенная пятым Далай-ламой»), о котором говорилось выше, и в трактате его ставленника Дэсрид Санчжай Чжамцо «Вайдурья Сэрпо Мелон», посвященном истории школы Гелугпа.