В течение XI–XV вв. оформляются и другие школы тибетского буддизма — Ньинмапа, Кагьюпа, Сакьяпа и Гелугпа. Эти школы, в особенности Ньинмапа и Кагьюпа, существовали поначалу, в XI–XII вв., в качестве субтрадиций в русле определенных учительских традиций комментирования текстов Иудобуддийской тантры. Институционализация, превращение этих субтрадиций в собственно тибетские школьные традиции, была обусловлена рядом факторов как религиозных, так и социально-политических. К факторам религиозного характера относится, во-первых, завершение работы над переводами индийских текстов, издание и распространение многочисленных копий текстов, входивших в антологии сутр и антологии тантр. Как уже говорилось, к XII в. приток новых текстов из Индии прекратился и работа велась с выполненными ранее переводами. Перед тибетскими последователями буддизма стояли задачи классификации и кодификации переведенных текстов, создания собственной письменной традиции комментирования. К XIII в. буддийская доктрина была представлена в своей полноте на тибетском языке, что открывало возможность изучения буддизма без помощи иноземных миссионеров. Вместе с тем издание и тиражирование текстов Ганджура играло двоякую роль — оно выступало основой доктринального единства буддийских традиций в Тибете и одновременно вело к их отчетливой дифференциации. Единство тибетобуддийских традиций обеспечивалось тем, что для всех школ базовым источником знаний признавлись тексты, переведенные с санскрита и соответствовавшие по своей тематике трем разделам буддийского учения — Сутры, Виная, Абхидхарма. Четыре благородные истины (основа догматики), закон взаимозависимого возникновения (учение о связи прошлого, настоящего и будущего рождений), кодекс писаных дисциплинарных правил, регламентирующих жизнь мирян и монашества (Виная), признавались всеми школами без исключения.
Отчетливая дифференциация школ в аспекте их воззрений проявилась прежде всего в процессе формирования практических способов передачи религиозного знания — комментаторских традиций и первых образовательных стандартов. В этой связи важно учитывать то обстоятельство, что указанный процесс имеет своим истоком разнообразие школ и направлений индийского буддизма. Это разнообразие, проявлявшееся на философском, логико-дискурсивном и психотехническом уровнях, закрепилось в текстах, переводы которых вошли во вторую часть тибетского буддийского канона — Данджур.
Каждая из тибетских школ располагала собственными каталогами как текстов Ганджура, так и текстов Данджура. Однако главным пунктом расхождения выступали именно тексты буддийских тантр и способы их классификации. Наиболее авторитетными считались каталоги, сделанные представителями школы Сакьяпа — Дагпа Чжалцаном (1147–1216) и Пагба-ламой (1235–1281), и школы Кадампа — Будон Ринчендубом. Весьма значительную роль сыграло то обстоятельство, что первая стандартизированная версия Ганджура, изданная в Нартане в начале XIV в., создавалась на основе различных школьных библиотечных коллекций. Раздел тантр, например, основывался как минимум на пяти коллекциях, куда вошли каталоги школ Сакьяпа и Кадампа. И в этом смысле издание Нартанского канона сыграло роль еще одного религиозного фактора, способствовавшего упрочению школьной дифференциации.
Несколько десятилетий спустя после издания Нартанского канона появились два новых каталога тантр, составленные Будон Ринчендубом. Первый был включен им в «Историю буддизма» («Чой джун»), изданную в 1322–1323 гг. Этот каталог готовился с учетом нартанского издания канона, изучению которого Будон посвятил около десяти лет. Известно, что само разделение канона на две части — Ганджур и Данджур — принадлежит собственно Будону. Работа по классификации и новой кодификации текстов проводилась этим ученым на базе основанного им монастыря Шалу, куда Будон и привез из Нартана тексты канона. Каталог текстов Ганджура, включавшего 100 томов, и Данджура — 225 томов, предложенный Будоном, пользовался огромным авторитетом во всех школах, за исключением Ньинмапа.
В 1340 г. Будон издал специальный каталог так называемых канонических тантр. В обоих каталогах количество перечисляемых текстов тантр превышает 420, в то время как в каталогах, составленных иерархами школы Сакьяпа — Дагпа Чжалцаном и Пагба-ламой, — упоминается только 220 текстов тантр. Издание обоих каталогов и их распространение были важной вехой межшкольной полемики относительно канонических и неканонических тантр. Тексты тантр, зафиксированные Будоном, рассматривались в качестве канонических, то есть восходящих непосредственно к авторитету основателя буддийского учения. Соответственно, все тантры, не вошедшие в его каталог, оказывались неканоническими.