Политические взгляды Гедуна Чопела были столь же крамольны и в конце концов принесли ему несчастье. Живя в Индии, он был близок к тибетским политическим эмигрантам, в частности, к Рап-га Бом-да-цангу, организатороу политического движения, известного как «Ассоциация борцов за изменение Западного Тибета». То, что Гедун Чопел, демонстрируя свои симпатии этому прогрессивному политическому движению, создал его эмблему — серп, меч и ткацкий станок, — вероятно, особенно раздражало консервативных членов тибетского правительства. Действительно, само название организации говорит о «Западном Тибете», странном термине, который по звучанию напоминает слово, которым китайцы именуют Тибет — «Сицзан», — что буквально означает: «западные провинции». Поскольку термин отражает притязания китайцев на две восточные провинции Тибета, Амдо и Кхам, для многих в правительстве Тибета название движения, должно быть, звучало как пощечина.
Калимпонгская группировка выпускала памфлеты с нападками на тибетские порядки, и озабоченные этим британские власти в Индии разослали ее членам повестки с требованием покинуть страну. Гедун Чопел, получив коварное «приглашение» от министра кабинета посетить Лхасу, в Цо-не был взят под арест и выслан в Лхасу, где на некоторое время его оставили в покое. Он привез с собой только коврик, заменявший ему постель, печку, алюминиевый горшочек для приготовления пищи и большой черный железный ящик с книгами и рукописями. Своей жизнью он оправдывал данное им себе Прозвище Нищий из Амдо. Осенью 1947 года комитет во главе с Сур-кангом, наиболее влиятельным лицом в правительстве конца сороковых годов, предъявил ему официальное обвинение в подлоге, но осужден он был за «подрывную политическую деятельность». Вслед за этим Сур-канг обвинил его в принадлежности к коммунистической партии. (Слухи так разрослись, что вскоре его уже называли русским шпионом.) По всей вероятности, основными поводами для его ареста послужили его участие в разработке проекта конституции, в которую входило создание парламентских учреждений, что шло в пику консервативному правительству, а также его открытое неприятие религиозных догм. Кроме того, тибетское правительство опасалось, что «Ассоциация борцов за изменение Западного Тибета» получит поддержку Гоминдана. Сам Гедун Чопел позже говорил, что, как он полагал в то время, британские власти решили арестовать его как коммуниста из-за его исследований, подтверждающих, что Тибет — независимое государство с территорией, исторически занимавшей часть Индии. Британцы же признавали китайский сюзеренитет над Тибетом и к тому же хотели сохранить границы своей империи.
Когда за ним пришли представители властей, он высказал две просьбы: во-первых, чтобы они не прикасались к бесчисленному множеству его записей на обрывках бумаги и папиросных обертках, аккуратно разложенных по всей комнате, так как это черновики новой книги, в которой будут представлены доказательства суверенитета тибетской нации, и, во-вторых, чтобы не разглашали его тайну о том, что, не имея времени на семейную жизнь, для удовлетворения плотских потребностей он держит дома резиновую куклу в человеческий рост (ее лицо он раскрасил «под кочевницу»). Впоследствии ни одна из его просьб не была удовлетворена.
Члены кабинета настояли на просмотре всех его рукописей и, не найдя в них никаких улик, перешли к допросам, подчас применяя порку. Гедун Чопел все отрицал. Несмотря на отсутствие существенных доказательств, его посадили в тюрьму вместе с обычными уголовниками. В тюрьме он проводил ночи с неграмотной женщиной родом из Авахо.
В 1949 году Рахула Санкрикьяяна и Юрий Рерих встретились с братом Сур-канга, генералом, во время его посещения Индии; они настоятельно просили его поручить Гедуну Чопелу написать историю Тибета и сказали, что при более гуманном обращении он принесет Тибету немалую пользу. Дружеские связи Гедуна Чопела с Китаем, по их словам, могли быть выгодно использованы тибетскими властями после неизбежного вторжения в Тибет коммунистического Китая. Просидев за решеткой два года и четыре месяца, в 1949 году[5]
Гедун Чопел вышел из тюрьмы нечесаный, отощавший, одетый в дурно пахнущие лохмотья.Выпавшие на его долю испытания ощущаются особенно остро в заключительных строфах «Трактата о страсти», где он просит не сваливать на него чужую вину:
«Не взваливайте на плечи смиренного Бремя присущих другим пороков, таких, как нарушение Покоя друзей, ведущих жизнь праведников, Вторжение в невозмутимый мир самодовольных, И прочее».
Он хочет, чтобы все смиренные существа были свободны от гонений:
«Пусть все, кто смиренно трудится на этой просторной земле, Будут навеки свободны от западни безжалостного закона И все как один независимы, вкусят тихих радостей, Необходимых и приносящих им пользу».
Эта строфа отражает надежды тибетцев, лишенных человеческих прав под игом жестоких завоевателей.