Буквально на следующий день после принятия съездом столь радикальных решений власти Кабардино-Балкарии предприняли самые активные действия против их инициаторов. 18 ноября ОМОН произвел задержания активистов и выемку документов в Общественно-политическом центре балкарского народа в Нальчике. А 19 ноября парламент Кабардино-Балкарии принял постановление «О решении так называемого съезда балкарского народа», в котором все инициативы съезда признаны антиконституционными. Деятельность съезда балкарского народа, равно как и его выборных органов, включая Госсовет, на территории Кабардино-Балкарской Республики данным постановлением прекращена. Общественно-политическая организация «Тёре» была запрещена Верховным судом Кабардино-Балкарии после того, как в одноименной газете этой организации были опубликованы документы шестого этапа балкарского съезда. Против ряда членов Госсовета республиканской прокуратурой были возбуждены уголовные дела.
В этот же момент в балкарском движении произошел окончательный раскол. Через неделю после съезда Супьян Беппаев в телевизионном выступлении неожиданно подверг критике его решения, назвав их «непродуманными». В ответ уже запрещенный Госсовет Балкарии 27 ноября лишил Беппаева статуса своего председателя и члена. «Твердые» оппозиционеры обвинили Беппаева в переходе на позицию лояльности республиканским властям. В начале 1997 г. Беппаев создал новую организацию «Голос Балкарии»
(«Малкъар ауазы»), не ставившую вопроса о разделе республики, а позже по указу Валерия Кокова возглавил специальную республиканскую комиссию по правам человека и реабилитации жертв политических репрессий. С тех пор сторонники запрещенного Госсовета критиковали Беппаева не менее жестко, чем руководителей республики. Однако Беппаев совершил свой «переход» не в одиночку. С осуждением ноябрьских решений Госсовета выступило также, например, собрание балкарских депутатов всех уровней, прошедшее в Нальчике через пять дней после съезда, 22 ноября. Таким образом, можно констатировать, что команде Кокова к 1996 г. в целом удалось создать среди балкарцев достаточно представительную прослойку, поддерживающую республиканское руководство и категорически не приемлющую идею разделения республики. В «Голос Балкарии» вошло достаточно большое количество видных балкарцев, в том числе занимавших на тот момент статусные должности на республиканском и районном уровнях. В 2000 г. началось объединение «Голоса Балкарии» с карачаевской национальной организацией «Алан». В 2003 г. на съезде в Черкесске объединились уже три «Алана» — карачаевский, балкарский и осетинский.Неспособность балкарской оппозиции противостоять Кокову была хорошо видна на выборах президента республики 17 января 1997 г.: Коков баллотировался безальтернативно и победил, причем, в отличие от 1992 г., выборы успешно состоялись и в балкарских районах (хотя балкарский съезд в ноябре 1996 г. постановил выборы там не проводить). Укреплять свое влияние в балкарских районах Кокову помогало и то, что в 1990-е гг., до приведения республиканского законодательства в соответствие с федеральным, в республике действовала норма, по которой главы районов избирались после представления их кандидатур президентом республики, то есть оппозиция не имела шансов провести своих сторонников в главы «балкарских» районов (такая схема выборов глав районов Кабардино-Балкарии была признана незаконной определением Конституционного суда РФ от 2 ноября 2000 г.). Не смогли радикальные балкарские активисты противостоять и принятию 1 сентября 1997 г. новой Конституции Кабардино-Балкарии, несмотря на их многочисленные протесты по поводу отсутствия в ней самого понятия «титульный народ».
Госсовет Балкарии после событий ноября 1996 г. вел полуподпольное существование. В феврале 1998 г. Расул Джаппуев был избран его председателем (и. о. председателя он стал сразу после исключения Беппаева из Госсовета). Госсовет не имел разветвленной сети активистов по районам. Основной деятельностью этой запрещенной организации стало издание газеты «Балкария», нерегулярно печатавшейся за пределами республики тиражом несколько тысяч экземпляров. Республиканские СМИ, в том числе и относительно независимые, как выходящая в Нальчике «Газета Юга», освещая балкарские проблемы, в конце 1990-х в большей степени ориентировались на «официального» Беппаева, нежели на «неофициального» Джаппуева. Такие общественные организации, как «Женщины Балкарии», Совет старейшин Балкарии, в тот момент в целом занимали нейтральную позицию, предпочитая не комментировать произошедший в национальном движении раскол.[18]